共计 198 篇文章

2024

04-22 Sequencing methods
02-05 PROGENy pathway signatures
01-29 SAM/BAM文件中的MD标签
01-12 JC-单细胞转录组分析揭示人类子宫内膜癌的起源和病理过程

2023

12-22 非编码小RNA的fasta序列下载资源
12-13 recount3超大规模可用转录组数据集
11-23 Kingfisher下载SRA数据
09-22 比对、定量多种类型小RNA
09-21 COMPSRA定量多种类型小RNA
09-14 安装R包sf、lwgeom等报错
09-06 JC-ELMER一个基于甲基化和转录组进行调控分析的R包
08-17 校正混杂因素
06-26 GEO数据库中的文件（SOFT）
06-01 用miRDeep2来定量miRNA丰度
05-04 Science Advances | 群体遗传学揭示驯化对蜜蜂进化的重要影响
05-02 pTMB (Persistent mutation burden)
04-11 R语言中phyper做超几何检验
04-10 随机森林训练集样例不平衡
04-10 Ensemble Learning
04-09 肿瘤标志物学术大会 CCTB大会 2022
04-07 Convolutional Neural Networks
03-29 Jupyter Notebook Conversion
03-09 合并Isoseq的subreads文件

2022

10-06 VAF (variant allele frequency) vs CCF (cancer cell fraction)
10-04 时间依赖的ROC
10-02 通过snakemake向slurm提交任务
09-30 真空采血管的颜色分类
08-18 删除tmp文件
06-12 Linux命令把excel转换为tsv或者csv
06-01 免疫系统介绍（转载）
05-31 R 报错 Error protect() protection stack overflow
05-24 用exceRpt定量miRNA、piRNA、tRNA
05-23 wget下载整个网站或页面
05-12 连锁不平衡LD（linkage disequilibrium)
05-09 VECTOR_ELT() can only be applied to a 'list', not a 'NULL'
05-05 CTRP数据库中的AUC值
04-30 临床模型的决策曲线分析解读
04-25 蛋白延伸（extension）变异的hgvs命名
04-01 Entrez Direct (EDirect)!!! Convert Biosample ID to Run ID
03-19 False-positive genes with high frequency mutation
03-16 突变mutation signatures
02-15 Prognostic versus predictive value of biomarkers

2021

11-01 群体遗传学中基于Fst&Pi的选择消除分析
10-11 肿瘤免疫表型-cold (excluded, desert) and hot
09-09 C++14 standard requested but CXX14 is not defined
07-19 Take only memories, leave only footprints
06-01 用SRA-Explorer辅助下载测序数据
05-21 预测模型校准曲线 Calibration curve
05-10 特征选择
05-09 将ggplot导出成ppt的R包
04-01 Continuous Long Read, subreads and scraps in Pacbio Raw data
01-20 谈一谈在变异解读过程中用到的几个不太熟悉的预测指标
01-09 推荐两个Rstudio Addins
01-08 Map NM ID to Gene Symbol

2020

11-02 Fixation index (FST)
10-01 Parse gtf
09-13 JC-整合多组学数据的通路富集分析-ActivePathways
09-12 Combining dependent P-values合并多个检验的p-value
09-11 甲基化芯片中的M值和B值
08-31 Failed to mount 大容量的RAID组
08-26 确定物理网口对应的名称以及配置静态IP
06-17 cosine similarity
06-14 基于DNA或RNA的NGS数据进行HLA分型
06-12 Agilent全外芯片的目标区域下载
06-06 立个走完麦理浩径的flag
06-04 分类模型的性能评估
05-29 安装黑苹果
05-24 Hello World
05-16 Google Docs + PaperPile = 提高生产力
03-27 Matlab error when running GISTIC
03-26 Prepare a data frame for sample CNV data
03-22 对Autoencoder(自编码器)的理解
02-29 FPKM转TPM
02-03 可变多聚腺苷酸化Alternative Polyadenylation (APA) 检测

2019

12-09 统计GTF文件中转录本的长度 Calculate transcript length from gtf file
12-05 RefSeq的gtf文件
06-10 TCGABiolinks下载TCGA数据做生存分析
05-19 误删hyper-v的avhdx文件
05-15 Fusion Gene Annotation
05-02 NIS+NFS+SGE
04-21 T细胞，B细胞，抗原，CD4和CD8
04-11 肿瘤细胞免疫逃逸的几种方式
03-29 想用smrt analysis-2.3的过来看看
03-25 一步到位下载hg19基因组文件
03-22 Generate Accurate Consensus Sequences from a Single SMRTbell
03-21 SpliceMap官网示例教程
03-20 Pacbio三代测序Primary Analysis Data文件夹

2018

09-14 EBI提供HLA序列BLAST
09-10 将VCF文件中的突变拆分成SNP和INDEL
07-31 分析带UMI标签的测序数据
07-12 什么是ubam文件，为什么ubam文件比fastq文件好
06-20 fastq压缩之后的gzip文件大小与样本数据量
06-08 突变注释后的过滤-variant filter
05-28 小试shell中的神器zsh
05-24 BCFTOOLS支持的表达式
05-21 VCF文件中的原始突变过滤--filter raw variants in vcf
05-18 GC偏好
05-16 insert size和fragment size
05-10 测序数据的预处理
05-08 文件介绍--FASTQ文件格式
05-03 遗传解读遇到基因LoF或deletion可以从单倍剂量不足下手
04-25 CoNVaDING和DECoN简评--基于Panel测序的外显子拷贝数变异分析
03-22 GATK Best Practices：通过GATK4 docker运行processing-for-variant-discovery-gatk4.wdl
03-21 苏州--参加CBGC遗传咨询年会
03-01 解决 mount: unknown filesystem type ntfs
02-27 思考：是否升级参考基因组版本
02-12 liftover,crossmap进行坐标转换时用到的chain文件介绍
02-11 基因组坐标转换工具-以BED文件为例，从hg19转换到hg38坐标
02-09 hg19、GRCH37、b37、hs37d5介绍和区别
02-07 BCL文件与BCL2FAFSTQ程序简介
02-01 PLOT | 目标区域的测序覆盖度作图
02-01 Illumina下机FASTQ文件命名规则
01-20 2018-01-09 GATK 4.0 正式发布
01-10 Picard---RuntimeIOException: java.io.IOException: No space left on device
01-06 合并bed文件中的区域

2017

12-01 测序中加入Phix的作用

2016

11-04 Calculate phastCon Score for a gene ---- 计算基因的phastCon平均分，判断基因保守型
10-19 思考---基因组中那些“看起来”很严重的突变往往不致病
10-18 [转载]蛋白质组学及蛋白质鉴定常用的网站和数据库
09-29 Axel - Linux下多线程下载工具
09-28 利用genome music分析癌症样本中显著突变的基因和相关通路
09-06 oncotator对VCF进行注释，并生成MAF格式文件
08-30 Convert gtf to bed12 format --- gtf2bed
08-16 topGO包进行-GO富集分析-做有向无环图
08-06 Ubuntu下安装java和多版本java共存控制
08-01 更新Bioconductor包--update a Bioconductor package
07-29 思考--在比对时，关于是否将chr*_random和chrUn_*序列放在参考基因组中的思考
07-22 AMY-Tree分析Y染色体 ---分类树
07-06 Breakdancer------Error: no bams files in config file!
06-16 Get the allele frequency of 1000 Genome subpopulation
06-08 修改MySQL远程访问权限
05-21 bismark DNA甲基化测序比对-bisulfite-seq
05-12 Asymmetric trimmomatic output with paired-end sequencing reads
05-11 perl: warning: Falling back to the standard locale ("C")
05-05 当awk碰到百分号%数值时
04-03 样本突变频谱分析和基于突变频谱的热图聚类
04-02 多线程gzip压缩神器---pigz
04-01 用Circos表示基因组上的突变密度
04-01 利用ionice命令设置程序的IO调度与优先级
03-30 NC编号与对应的染色体
03-25 wget命令小结
03-20 测序正负链和转录翻译正负链概念
03-18 利用wordcloud R包绘制词云
03-16 microRNA数据库与预测、功能分析软件大全
03-13 FPKM,RPKM,TPM 转载
03-12 启动子分析预测数据库
03-12 亚效等位基因和超效等位基因
03-01 Sort VCF by Chr and Pos根据染色体位置对VCF进行排序
02-29 合并VCF文件 Merge VCF file
02-24 Get the reference allele based on genomic position
02-20 利用biomaRt包下载HGMD公开版的突变位点
02-19 安装BioMart Perl及利用BioMart Perl API下载数据
02-17 如何获取Ensembl gene id和NCBI的gene id及与HGNC的对应关系
02-16 转录组分析新工具流程--HISAT2-stringtie-ballgown
01-31 Illumina测序平台介绍
01-30 通路富集分析计算显著性
01-26 Varscan copynumber Recommended Workflow---has beed tested
01-18 PyCharm启动时报failed to create jvm error code 4
01-15 CSV格式与tab制表符分割的格式文件相互转换，支持管道操作
01-12 统计覆盖到某一区域的reads数目和reads的GC含量
01-12 预测突变危害的SIFT和PolyPhen2数据库介绍--SIFT and polyphen2 introduction
01-11 SAMtools自带的统计命令--idxstats、stat、flagstat、bedcov和depth命令
01-11 SAM文件中的soft clipping和hard clipping
01-11 Linkage versus association--连锁与关联的区别---reprinted
01-10 人基因组每条染色体的GC含量GC content of human chromosomes
01-10 高通量质控统计软件包Rqc--Quality Control Tool for High-Throughput Sequencing Data
01-10 PCA主成分分析和NMF非负矩阵分解感悟
01-09 BreakDancer检测结构突变SV实战
01-07 ubuntu下升级更新R版本
01-06 SNPedia 资源介绍

2015

12-25 高通量测序领域PPT中常用的两张图cost_per_genome_megabase
12-11 ControlFreec检测CNV
11-16 Python抓取动态网页
08-12 八声甘州·对潇潇暮雨洒江天
07-28 三代测序组拼接组装工具Falcon
05-17 Update LinuxRHEL yum source to 163 mirror--更新yum源为163的镜像
05-08 在Mac上安装cirocs，在Mac上安装perl GD模块
05-05 单细胞测序技术及应用进展-Single Cell Sequencing Technology and Its Applications Progress
04-08 以后，还会记得曾经的一群人
03-22 Paired end sequencing VS Mate pair sequencing
03-17 为OSX和Linux的TERMINAL增加时间分割线

2014

12-18 Xephyr cannot open host display. Is DISPLAY set?
10-30 Linux read only file system
10-10 An Explosion Of Bioinformatics Careers (reprint)
10-01 Hello!
09-15 RNA测序到底可不可靠？(转)
07-27 java block
03-03 EndNote Mac--Error while reading serialized data in Word

2013

11-25 总之有些人后来真的再也没见过（转载）
11-03 Mac下编辑PDF文件中文字---PDFpenPro
09-06 miRNA biogenesis and function
07-02 What is a Scaffold?
06-24 N50 explained
06-21 Getting LibSVM to work with Weka on Mac（reprint）
06-20 How to extract paired-end reads from SRA files（reprint）
03-19 How PCR duplicates arise in next-generation sequencing(reprinted)
01-12 miRNA和siRNA的基本介绍及区别(转)

2012

12-31 HashMap，根据key，value排序和HashMap在声明时初始化