肿瘤标志物学术大会 CCTB大会 2022

CCTB 2022：https://biomarker2022.sciconf.cn

参加肿瘤标志物的大会，好几个会议同步进行，来演讲的人都是业界的专家，水平很高，虽然大部分报告都是科研形式的汇报，和产业汇报不一样，但同样给人启发。

CCTB2022

听研究外泌体囊泡的报告时，专家抛出来一个问题，目前单细胞研究已经很普及了，问外泌体囊泡中有各种内容物，如何在囊泡水平研究异质性。我立马就想到了用单细胞技术，把囊泡当作细胞来处理。是的，专家也这么干的，而且是学术界第一次做，这是很巧妙的点子，我也想到了解决方法关键是，我的思维没想到这种问题。我也了解单细胞测序，也做过外泌体研究，但我没有把他们俩联系在一起。
ctDNA很火：ctDNA有一个专门的论坛，听的人也很多，但关于miRNA的确没有看到。CTC裂解会释放ctDNA，当肿瘤早期CTC还检测不到的时候，可以通过检测ctDNA的阳性（没搞懂怎么确定ctDNA的）。但当ctDNA的拷贝数非常少的情况下，比如万分之1（0.01%）水平，检测单个位点灵敏度不高，于是进行多位点联合检测。但是在测序时，DNA的某条链会有gap，测序之前需要先补gap，但用现有的酶补gap的话，补的都是非甲基化的碱基，会影响结果。于是想到测单链，但单链测序的问题是连接酶的效率不高，于是专家团队自己找酶，开发了比目前商业化单链测序解决方案效率高两倍的技术。整个故事讲下来，就让人兴奋，在取得成果前，遇到了各种阻碍，但都一步一步克服了。另外ctDNA甲基化在肿瘤的早期筛查领域也非常火爆，比如大家都知道的SEPTIN9，SHOX2和RASSF1F的甲基化，90%的CRC患者在SEPTIN9发生甲基化，这也是为什么市场上CRC早筛试剂盒比较多的原因。专家对ctDNA甲基化的观点是，甲基化参与早期肿瘤的发生，具有肿瘤特异性，甲基化事件比较稳定，ctDNA半衰期短且普遍存在。确实，我也挺想做一个ctDNA甲基化的研究。
相比于ctDNA，这次会议也一个专门针对CTC的论坛，CTC计数也有不错的结果，包括CTC作为标志物与免疫治疗反应的相关性研究，关注的人也不少。除了ctDNA，CTC外，我看这次大会提到比较多的是蛋白糖基化和磷酸化。比如糖基化在蛋白折叠、质控、稳定、运转和功能中起着重要作用，和肿瘤的发生发展相关。临床常用的CA19-9，甲胎蛋白AFP，PSA等都是糖蛋白。不同位点的糖基化，相同位点的不同糖基化都可以用来作为诊断预后标志物的来源。热景公司还可以富集糖基化外泌体，研究糖基化外泌体内部的RNA等也发现了不同的标志物。
MRD也是大家关注的一个热点，燃石的报告指出，检测术前已知的MRD是有意义的，检测driver比检测passenger突变有意义，在一月的时候检测比3天好。大家都有一手的longitudinal cohort，一手的数据，还有测序公司帮忙。ctDNA的阳性也可以用来监测复发，品级公司的数据表明，ctDNA可以早于图像好几个月发现复发，ctDNA的量也和肿瘤的大小相关。当然这都是别人的数据，我都在想，要是我的话，我的数据会怎么好吗。另外一个专家指出术后ctDNA阳性的患者，复发的概率很大，阴性患者复发的概率很小。那生存曲线画出来，简直让人羡慕。
实验设计很重要，比如MRD监测，至少要长期收集病人的血液，随访是少不了的。术前术后的样本，复发样本，伴随疾病状态，癌前病变，伴随用药，用药反应，早期样本的比例，肿瘤亚型，分子亚型，病理亚型和分期，性别年龄匹配，独立验证要用盲法，模型固定后，要进行前瞻性队列验证，前瞻性研究之前，实验方法乃至管子都要考虑和确定下来。感觉燃石做的比较好，燃石的多癌种早期筛查产品对接了40多家医院，也获得了美国的突破性医疗器械认证，没有看到其他大公司比如泛生子、安诺优达的报告。
我们一直在讲我们要取代某某产品，其实可以做到互补，比如有个专家的报告，检测肺部灌洗液、胸腔积液等肺液相活检，可以与目前的组织形态学鉴定互补。组织形态学确定不了的（有可能是切片中恰巧没有肿瘤细胞），肺液相活检ctDNA可以补充，灵敏度优于组织形态学，联合在一起的话，效果更好。
多组学是大势。汤富酬教授的单细胞，就讲了单细胞多组学的事情，虽然很多分析我也能做，但前面的实验和课题设计才是最重要的，这才能回答临床问题，也不是简单的分析。多组学联合分析，bulk tumor联合单细胞分析，就连液态活检都有ctDNA甲基化和ctDNA突变的联合研究。还有就是血小板RNA也可以用来做预后和诊断。分型研究很普遍，因为肿瘤异质性的存在，解析异质性就会涉及到分型，分析的难点在于如果阐明各个亚型的特征和背后的生物学意义。
我很关心ddPCR，因为我讨厌qPCR中需要用到house keeping，鬼知道house keeping靠不靠谱，换个house keeping就是另外一个结果。当然现在qPCR有质控品，但ddPCR的绝对定量对我很有吸引力。ddPCR有两种方式，一种是微流控，一种是芯片法，可以用来检测MRD，拷贝数，我查了查，也可以用来检测miRNA，但都需要知道目标序列，产品价格较贵，目前而言ddPCR的整个产业也在发展，也有医院检验科的人汇报他们在用ddPCR。
学术届和产业界合作很密切。有的是一起设计实验进行研究，这样公司cover测序等实验的费用，医生可以提供临床资源；有的是公司的产品需要学术界或者医院的支持和站台；还有的是，本身对某个基因的机制研究的很透彻了，然后创业或者和公司一起进行转化。
全癌种标志物（UCOM）这个概念我在以前的会议上听到过，是上海于教授提出的。这次有一个专门的论坛汇报，我专门听了一下。全癌种标志物的概念不同于泛癌标志物，泛癌标志物是由不同癌种的标志物组成的panel，而全癌种标志物意味着不管哪个癌种，这个标志物都会出现，这个概念很好。目前是基因甲基化的标志物，在多个癌种进行了临床实验，结果都不错。我感觉是通过挖掘TCGA的所有甲基化数据，然后找到的。
SYSUCC的孙教授汇报了他们的鼻咽癌AI大数据，我真的震惊了，我没想到他们医院已经做到这么厉害的程度，他们整合了医院能整合的数据，包括每次的医院检验和检测结果，分子和图像数据，医嘱等，他们制定了首先自己把数据标准化，然后对数据加工组织，用时间轴的形式来展示数据，研究人员可以看到患者在医院的所有数据，由鼻咽癌扩展到41中疾病。因为数据量太大了，一定会有规律在里面。比如鼻咽癌患者的cfEBV数据，有的患者是出院后一直下降，有的是先降后升，由此发现有几种鼻咽癌的治疗结果范式，和生存显著相关。这完全是大数据的概念，比分型更直接。再比如说随访，他们可以实现自动化随访，比如和政府部门对接，检索死亡数据，检查医保状态，检查后续就医状态，检查健康码状态，就可以自动化判断患者的生存情况，而不需要人工随访，做到了只有10%的失访率。以往医生写医嘱时，要自己敲字，但他们团队发现写的逻辑很简单，完全可以自动化生成。要是中国的医院都这个水平，就不存在信息孤岛，方便患者也方便医院科研。
不清楚其他公司如何说自己的产品是拿到了肿瘤筛查的证的，比如全景给的数据，肿瘤筛查的证都光在肠癌中就批准十几个了，反正诺辉不同意，诺辉说他们是唯一一个拿到国家批文的早筛三类证。诺辉是便隐血FIT+ctDNA的突变和甲基化联合检测，构建了模型，但报告只报阴性和阳性，不报风险值。他们的监控数据显示阳性报告率为10%，肠镜异常率为5%，这个数据应很好了。诺辉的临床试验是和便隐血的结果作比较，临床试验入组的人，来自9个中心，人数在4000到5000之间，强调的是在检测早期肠癌（NPV是99.7%，灵敏度接近1）乃至腺瘤（50%左右的灵敏度，FIT检测不敏感），在终点都会接受肠镜检查，作为金标准。诺辉的医学官员说他们是横断面研究。我想到了康立明，据我所知康立明没有建模，当时我和他们的销售沟通时，他们是同时测多位点，然后看汇总的信号（我不确定真的假的，因为我觉得他们的销售并不专业，而且宣传页上写灵敏度在90%左右），此外康立明的临床试验中心少，且每个中心入组的人在几百人。还是诺辉厉害。
北京的政策是允许DNA甲基化检测进入医保，这对标志物行业来说是一个利好消息。前期LDT不被允许的时候，学术界的研究成果不容易转化、公司的产品不容易推广、医院也无法开展难以保证的检测（比如同时检测上百种过敏原，这种不会拿到证的），突发新发传染病（比如新冠刚开始没有有证试剂）。放宽LDT势在必行，我们这两年也看到LDT的政策和监管都在放宽，肿瘤的早期筛查是一个值得关注的领域。也听了一位参与推动LDT政策的上海专家讲述如何推动的，里面的曲折是非很多，但最终还是成功的让政府部门放宽的政策，打开了LDT的门。对于LDT，美国并不是FDA监管，而是CMS（医疗保险和医疗补助服务中心）通过贯彻《临床实验室改进法案》（CLIA）指导管理临床检验实验室及其临床检测活动。我们的趋势应该也是朝着这个方向发展，目前上海和北京有LDT试点，政府监管很严格，定期和不定期检查都会有。除此之外，LDT的产品，应严格进行性能参数确认，比如确定检测下限、采集管的选择、样本的运输和保存、样本的实验投入量、质控参数、生信流程、标准品、灵敏度和特异性，不同批次进行重复性验证、不同实验员进行重现性验证，确定好参数之后，后期应该严格执行。相信随着政策的放宽，LDT产品会越来越多。

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#Author: Jason

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