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# 下载，注意COMPSRA需要JRE
mkdir COMPSRA
cd COMPSRA
wget https://github.com/cougarlj/COMPSRA/raw/master/COMPSRA_V1.0.3.zip
unzip COMPSRA_V1.0.3.zip

# 手动安装star
cd bundle_v1/plug/star
wget -c wget -c https://github.com/alexdobin/STAR/archive/refs/tags/2.5.3a.zip
unzip 2.5.3a.zip


cd ../../..

# 下载注释数据，如果下载的文件不对，可以去https://github.com/cougarlj/COMPSRA上bundle1_V1/prebuilt_db中下载
java -jar COMPSRA.jar -tk -dr -ck miRNA_hg38,piRNA_hg38,tRNA_hg38,snoRNA_hg38,snRNA_hg38,circRNA_hg38

# 下载人基因组
java -jar COMPSRA.jar -tk -dr -ck star_hg38

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# QC模块  -qc
java -jar COMPSRA.jar -ref hg38 -qc -ra TGGAATTCTCGGGTGCCAAGG -rb 4 -rh 20 -rt 20 -rr 20 -rlh 8,17 -in ./example/sample01.fastq -out ./example_out/

# Alignment模块 -aln，第一次运行star的话，需要添加-mbi选项待构建index
java -jar COMPSRA.jar -ref hg38 -aln -mt star -in ./example_out/sample01/sample01_17to50_FitRead.fastq.gz -out ./example_out/sample01/sample01_17to50_FitRead

# Annotation模块 -ann，需要注释的小RNA种类1 miRNA 2 piRNA 3 tRNA 4 snoRNA 5 snRNA 6 circRNA
# -ann_inCluster注释piRNA是否在piRNA cluster内
java -jar COMPSRA.jar -ref hg38 -ann -ac 1,2,3,4,5,6 -ann_inCluster -in ./example_out/sample01/sample01_17to50_FitRead_STAR_Aligned.out.bam -out ./example_out/sample01/sample01_17to50_FitRead_STAR_Aligned

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# -inf的参数文件每一行为一个样本文件
java -jar COMPSRA.jar -ref hg38 -fun -fm -fms 1-12 -fdclass 1,2,3,4,5,6 -fdann -pro COMPSRA_MERGE -inf ./example/sample.list -out ./example_out/

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java -jar COMPSRA.jar -ref hg38 -qc -ra TGGAATTCTCGGGTGCCAAGG -rb 4 -rh 20 -rt 20 -rr 20 -rlh 8,17 -aln -mt star -ann -ac 1,2,3,4,5,6 -fun -fm -fms 1-12 -fdclass 1,2,3,4,5,6 -fdann -pro ALL_MERGE -inf ./example/sample.list -out ./example_out/