遇到的情形

分析的代码已经调试好，但分析的时间较长；

后端启动jupyter notebook后，奈何网络不稳定，notebook经常掉线，跑到一半的程序就断掉了；

服务器其他人的jupyter notebook的端口如果和我的一样，别人启动jupyter notebook后，我正在用的端口就会往后变。

于是我就想，能否在终端直接运行.ipynb文件，这样我就可以加nohup命令了，或者把ipynb的代码转成python，我nohup运行python也行。

基于以上情况，我google到了nbconvert。

nbconvert

nbconvert的github地址：https://github.com/jupyter/nbconvert

jupyter nbconvert通过模版引擎jinja将ipynb文件转成其他格式的文件，包括

  • HTML
  • LaTeX
  • PDF
  • Reveal JS
  • Markdown (md)
  • ReStructured Text (rst)
  • executable script

此外nbconvert还有另外一个功能就是通过–execute选项在终端执行ipynb文件

安装nbconvert

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pip install nbconvert
# 或者conda install nbconvert

ipynb格式转换

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# 转成python，转成后，后有前缀和ipynb一样的py文件，运行这个就行。
jupyter nbconvert --to python --execute mynotebook.ipynb
# --to后面跟格式，比如html
jupyter nbconvert --to html mynotebook.ipynb
# 支持的格式包括['asciidoc', 'custom', 'html', 'html_ch', 'html_embed', 'html_toc', 'html_with_lenvs', 'html_with_toclenvs', 'latex', 'latex_with_lenvs', 'markdown', 'notebook', 'pdf', 'python', 'rst', 'script', 'selectLanguage', 'slides', 'slides_with_lenvs']

上面是格式转换，在转换的过程中，比如转pdf、latex的时候，可能还需要额外的包，比如pandoc等，还需要额外安装。可以参考https://nbconvert.readthedocs.io/en/latest/index.html

jupyter nbconvert还有个功能就是执行ipynb格式的文件，如下

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jupyter nbconvert --execute mynotebook.ipynb
# 这个时候就和linux终端下的正常命令类似了，比如加上重定向
jupyter nbconvert --execute mynotebook.ipynb >> mylog.out.log 2>&1
# 还可以和格式转换相结合
jupyter nbconvert --to python --execute mynotebook.ipynb

假设我想把通过运行jupyter nbconvert执行ipynb文件的过程更简单点，可以通过在.profile里面设置命令的别名

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# .profile或者.bashrc里面配置
alias nbx="jupyter nbconvert --execute"
# 终端运行ipynb文件
nbx mynotebook.ipynb

参考

https://stackoverflow.com/questions/35545402/how-to-run-an-ipynb-jupyter-notebook-from-terminal

Github: https://github.com/jupyter/nbconvert

Document: https://nbconvert.readthedocs.io/en/latest/index.html

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#Author: Jason

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