当进行Isoseq的样本测了多次，或者多个run时，可能会碰到合并subreads.bam文件。我倾向先合并再往后分析，兼容以前的流程，避免分别分析再合并会遇到其他错误。Pacbio Isoseq的下机数据格式已经从h5变成了subreads.bam，合并其实很简单，和samtools类似，但得用pacbio的工具才行，当然还要建立index生成pbi文件，也是用pacbio的工具。

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2
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4

# merge
pbmerge -o merged.bam data_1.bam data_2.bam data_3.bam
# index
pbindex merged.bam

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#Author: Jason

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