当进行Isoseq的样本测了多次,或者多个run时,可能会碰到合并subreads.bam文件。我倾向先合并再往后分析,兼容以前的流程,避免分别分析再合并会遇到其他错误。Pacbio Isoseq的下机数据格式已经从h5变成了subreads.bam,合并其实很简单,和samtools类似,但得用pacbio的工具才行,当然还要建立index生成pbi文件,也是用pacbio的工具。

1
2
3
4
# merge
pbmerge -o merged.bam data_1.bam data_2.bam data_3.bam
# index
pbindex merged.bam

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#Author: Jason

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