VCFTOOLS

得到SNP

1

vcftools --vcf X.vcf --remove-indels --out X.snps --recode --recode-INFO-all

得到INDEL

1

vcftools --vcf X.vcf --keep-only-indels --out X.indel --recode --recode-INFO-all

GATK

得到SNP

1
2
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5
6

java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
    -T SelectVariants \
    -R reference.fasta \
    -V X.vcf   \
    -selectType SNP \
    -o X.snps.vcf

得到INDEL

1
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3
4
5
6

java -jar GenomeAnalysisTK.jar \
    -T SelectVariants \
    -R reference.fasta \
    -V X.vcf  \
    -selectType INDEL \
    -o X.indel.vcf

本着有轮子不造轮子的原则，可以用VCFTOOLS和GATK来实现，当然如果想自己拆分的话，可以根据VCF中是否有SNP和INDEL的tag标签，或者根据ALT和REF中的碱基长度是否一致来实现拆分。

参考：

https://www.biostars.org/p/48204/ https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/tooldocs/3.8-0/org_broadinstitute_gatk_tools_walkers_variantutils_SelectVariants.php

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#Author: Jason

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