在得到下机数据之后，首先会对下机数据进行质控，并对碱基质量碱基分布等进行统计和绘图，得到质控报告。大家常用的质控软件有Faxtx tookit，fastqc，Trimmomatic 等，但出图要么是自己根据统计结果自己画图要么是用fastqc的图。个人觉得fastqc的图有点土，于是找到了Rqc包，顾名思义R quality control。发现国内没有人介绍该包，在此向广大人民群众推荐该包。

Rqc包的介绍网址在http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Rqc.html

有两种安装方式

一种是通过bioconductor

1

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

如果下载包的网速非常慢，请更换镜像chooseBioCmirror()

1

biocLite("Rqc")

另一种方式是通过github

install.packages("devtools")
library(devtools)
install_github("labbcb/Rqc")

Rqc包自带测试数据用于测试Rqc：
library(Rqc)
folder rqc(path = folder, pattern = ".fastq.gz")

结果输出如下：

read质量分布Per Read Mean Quality Distribution of Files


每个位点的碱基质量分布 Cycle-specific Quality Distribution


reads的dupicate情况 Read Frequency


每个位点的GC含量 Cycle-specific GC Content


每个位点的碱基质量分布 Cycle-specific Quality Distribution-Boxplot


大于某一定其质量的reads的比例 Average Quality


每个位点的碱基含量 Cycle-specific Base Call Proportion


每个位点的碱基含量，另一种表示方式Cycle-specific Base Call Proportion


对于QC统计报告而言，这些图片已经足够了。还有其他的方法和包用于QC作图，如果用于reads处理的QC工具，那就更多了，在此只小结一下QC统计作图：

1. fastq http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc
2. Rqc http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/Rqc.html
3. rsqc http://rseqc.sourceforge.net/   RNA seq QC
4. fastx_quality_stats http://hannonlab.cshl.edu/fastx_toolkit/
5. readfq https://github.com/billzt/readfq (根据readfq的输出结果，自己进行作图，什么形式的图自己定)
6. ht-seq http://manuals.bioinformatics.ucr.edu/home/ht-seq附图是ht-seq出的图

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#Author: Jason

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