Entrez Direct (EDirect)!!! Convert Biosample ID to Run ID
解决:提取Biosample的信息,将Biosample Id转换为SRA Run ID。
我有一个NCBI的biosmaple ID, 比如SAMN02324197,我不知道Bio project的情况下,我想知道他的SRR Run ID。最简单的办法是直接在SRA中搜这个biosample的ID,网页中Project,Run的信息都有了。
不过我如果有上百个biosample,来自不同的project,总不能一个一个的查吧。我先是在biostar上的这个https://www.biostars.org/p/97782/看到了EDirect可以查GSE的样本,我就在想能不能查sra的。
我试了一下这个命令,能检索到
|
|
但是我想提取相关的信息呢,添加了efetch即可