很早就知道神器zsh的存在，一直没有用，今天手痒装了一下，哈哈，用起来还不错。

zsh是bash的增强版，可以兼容bash，可谓是shell中的战斗机，非常方便的命令提示、补全、忽略大小写等功能，一个字爽，可参见

https://www.zhihu.com/question/21418449

不过通常zsh配置起来比较复杂麻烦，于是诞生了oh-my-zsh，专门为简化zsh的配置而开发，http://ohmyz.sh，极大的简化了zsh的配置，还是一个字，爽。

翻译https://samtools.github.io/bcftools/bcftools-man.html#expressions 有效的

Hard filter突变的传统过滤方式

此时VCF文件中的突变，与刚开始下机得到的FASTQ文件类似，称为raw data。此时的突变集合中，有很多假阳性突变，这些突变需要在突变分析之前过滤掉。

传统的过滤方式，直接根据每个突变的注释信息，进行过滤。最直接和最常见的是根据DP标签过滤，即根据该突变位点的测序深度进行过滤。通常，深度越低，支持该突变的reads数目越少，该突变越不可信。还可以根据前面提到的QUAL质量分值进行过滤，分值越低越不可信。Forward reads和Reverse reads的比例。通过，设定一定的阈值，看这些注释信息是高于还是低于该阈值。

GC偏好

测序中的GC偏好指的是基因组上GC含量在50%左右的区域更容易被测到，产生的reads更多，这些区域的覆盖度更高，在高GC或者低GC区域，不容易被测到，产生较少的reads，这些区域的覆盖度更少。用基因组单位长度的bin中的GC含量作为横坐标，覆盖度作为纵坐标作图，可以明显的看到该趋势。这种趋势在100kb为单位的bin中依然存在。

**Insert_size = the sequence betwwn adapters **

Fragment_size= Insert_size + Adapters