T细胞在胸腺中发育后，它们可以在血液或淋巴系统中游走或迁移到体内的不同器官。只要特定的入侵者刺激它们，辅助性T细胞就会产生化学物质。有些化学物质触发B细胞发育成浆细胞，而另一些化学物质则刺激杀伤性T细胞靶向并杀死可能被侵入者感染或癌变的细胞。 调节性T细胞有助于控制免疫反应，防止其失控。自然杀伤T细胞也产生化学物质，以帮助调节免疫反应，防止入侵者和肿瘤。在免疫反应结束后，记忆T细胞在体内停留很长一段时间。这样，如果同样的入侵者再次出现，它们就能迅速做出反应，并繁殖产生大量的T细胞来消灭它。
肿瘤中的新抗原neoantigen引起的T细胞介导的免疫监视会影响肿瘤的进化，新抗原的缺失或者抗原呈递功能受损都会导致肿瘤的免疫逃逸。可能有以下几点：
1，DNA水平：通过拷贝数丢失，导致neoantigen也发生丢失
2，RNA水平：抑制包含neoantigen的转录本表达
3，表观水平：沉默编码neoantigen的片断
4，翻译后水平：蛋白质降解，呈递功能缺失等
5，免疫系统的选择性纯化：清除包含neoantigen的肿瘤亚克隆。
最近找smrt analysis 2.3的程序，真是太辛苦了。我不想用SMRT的图形界面，pacbio又把github上的相关项目obsolete了，tofu项目也没了，pbtranscript装起来各种错误，实在要放弃了，还好看到有人做了2.3的docker镜像。用最近的SMRT6.0中的isoseq3的同学可以忽略本文，isoseq3请移步https://github.com/PacificBiosciences/IsoSeq3/blob/master/README_v3.1.md。
hg19对应GRCh37，UCSC提供hg19的参考基因组下载。UCSC的下载地址在ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/
需要经过下载每个染色体，然后解压合并成一个整个的基因组文件 ftp://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/
其实这样有点浪费时间，还要考虑合并的时候染色体的顺序是否按照1，2，3而不是1，10，11排下来的。目前我知道的最简单的办法的，从GATK bundle中下载。比如hg19整个基因组的文件。下面是一步到位的命令，包括了fasta，fai，dict文件。
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bax2bam -o mynewbam mydata.1.bax.h5 mydata.2.bax.h5 mydata.3.bax.h5
ccs –minLength=100 myData.subreads.bam myResult.bam
进行CCS由pacbio测序系统决定的，插入序列测多遍之后，可以用来校正随机错误。