高通量测序领域PPT中常用的两张图cost_per_genome_megabase

2015-12-25
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When I in senior high school, the Human Genome Project (HGP) was comparable with Project Apollo for human beings.

我上高中的时候，生物课本上有关于人类基因组计划的介绍。那个时候人们以为将人类的基因组序列搞清楚之后，就可以破译生命的奥秘。人类基因组计划耗费了很长时间很多年，但人类还是无法掌握生命的奥秘，更不知道这项工程还有多大价值。

但正是因为这项计划，促使科技的进步使得高通量测序技术出现，发展，普及。现在的生物学研究，已经离不开高通量测序，测序带来的信息量是前所未有的。正是这前所未有的信息和数据，才显得那么迷人。

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Python抓取动态网页

2015-11-16
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生物信息学中，David（the Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery）是常用的注视工具，可以对基因进行GO注释，KEGG pathway注释等，David提供接口供批量注释调用。

David的网址https://david.ncifcrf.gov/，api介绍https://david.ncifcrf.gov/content.jsp?file=DAVID_API.html

不是生物信息学的朋友，可以重点关注分析思路。 以Entrez gene id为1002的基因为例，返回GO，interpro等注释信息的api格式为

http://david.abcc.ncifcrf.gov/api.jsp?type=ENTREZ_GENE_ID&ids=1002,&tool=annotationReport&annot=GOTERM_BP_FAT,GOTERM_CC_FAT,GOTERM_MF_FAT,INTERPRO,PIR_SUPERFAMILY,SMART,BBID,BIOCARTA,KEGG_PATHWAY,COG_ONTOLOGY,SP_PIR_KEYWORDS,UP_SEQ_FEATURE,GENETIC_ASSOCIATION_DB_DISEASE,OMIM_DISEASE。

用python应用urllib2的包，抓取上述网页的结果为

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