A package belong to Bioconductor was updated (major revision) and released. I want to use the up to date package while in analysing. I am willing to use the new feature, so I need to update this package. I had tried many ways and many times, and finally found a possible way.

更新Bioconductor中的特定包到最新版本。需要首先更新R，其次更新Bioconductor，最终更新包。

1, First your should update your R version

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sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base

This will allow the latest Bioconductor to work compitablly.

2， Second update Bioconductor

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>remove.packages("BiocInstaller")  
source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 
biocLite()  

# this will fix an error: Error: Bioconductor version *** cannot be upgraded with R version *** # install latest BiocInstaller # update Bioconductor

3，Third update your target package

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emove.packages("package-name")   
biocLite("package-name")  

# remove old version # install the latest version

通常认为chr1-22，chrY，chrX和chrM为参考基因组序列，于是包括我在内的很多人，分别下载了25条染色体序列，合并成一个fasta文件，用bowtie2或者BWA构建index，用于下一步的read比对，然后是各种分析（包括突变、转录表达等）。

UCSC下载的HG19版本的整个参考基因组文件http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/hg19/bigZips/chromFa.tar.gz中，除还包括chr*random和chrUn序列（暂时理解为补丁序列，真实的补丁序列称呼常见assemble过程，见http://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/genome/assembly/grc/info/patches.shtml，有fix 和novel patch，这里我们现在只讨论chrrandom和chrUn*）。

The chr_random* sequences are unplaced sequence on those reference chromosomes.

The chrUn_* sequences are unlocalized sequences where the corresponding reference chromosome has not been determined.

当然如果DNA或RNA测序的read比对到chr*random 和 chrUn* 序列上，显示大多数人都不关注这些序列上信息，我想这也是很多人不把chr*random 和 chrUn* 放到参考基因组fasta文件中的原因。但是，chr*random 和 chrUn* 显然是存在的，只不过现在暂时没有确定位置或者后续用于基因组序列更正。

如果参考基因组序列中不包含chr*random 和 chrUn序列，那么原来属于chrrandom 和 chrUn的read则有可能比对到（不是一定）chr1-22，chrX，chrY上的相似区域（这些区域与chrrandom 和 chrUn*中的部分区域相似），造成假阳性比对，后续这些reads提供的信息都是不可靠的。

如果参考基因组序列中包含chr*random 和 chrUn序列，那么来自这些区域的reads则会正确的比对到这个地方，没有假阳性比对，只不过后续分析不需要考虑chrrandom 和 chrUn*即可。

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假设有一条read来自chr1_random，
条件                                     比对结果             分析结果
基因组fa文件包含chr1_random序列          比对到chr1_random    后续不考虑
基因组fa文件中不包含chr1_random序列      比对到chr1           造成假阳性<

举个例子，以前，我们确认一个突变是否存在，看覆盖这个点的read上有多少突变的碱基，如果覆盖这个点的read本来属于chr*random 和 chrUn*序列的，但比对到这个地方，即使这个位点的突变碱基再多，也是个假阳性突变，影响后续分析。

AMY-Tree下载地址

https://bio.kuleuven.be/eeb/lbeg/software 解压下载的压缩文件

AMY-Tree输入文件

输入文件的格式要求在解压出来的 Manual （AMY-tree v2.0 User Manual.pdf）里可以看到

breakdancer在call structure variant的时候，生成的文件中只有一行报错的信息 Error: no bams files in config file!

这是因为breakdancer在call SV之前，要先生成配置文件cfg文件。生成cfg文件的依据，是统计bam文件中paired read的插入长度，read的平均长度等信息。如果bam文件中的read都不是配对的或者很少有配对的，在运行bam2cfg.pl时，就会生成空的配置文件，导致检测不出SV，报 Error: no bams files in config file! 错误。

解决方法：

1，准备正确的bam文件，确保足够的配对读长paired reads，以便生成cfg配置文件

2，同一批样本的插入长度，read平均长度等都差不多，可以将其他文件生成的cfg文件中的 map: 选项后改为你的bam文件。即利用其他bam文件生成的cfg文件，当作要检测SV的bam的配置。

在1000genome的FTP服务器上可以下载一个all的vcf文件，里面可以看到AFR, AMR, EAS, EUR, SAS人群的allele频率，但是该种族下面的亚群的频率信息需要在http://grch37.ensembl.org搜索得到，比如 http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?db=core;r=1:230845294-230846294;v=rs699;vdb=variation;vf=102788013 ，还有一种方式，就是下载包含所有样本的突变信息的VCF文件，利用vcftools计算。

The allele frequency of super population (AFR, AMR, EAS, EUR, SAS, see http://www.1000genomes.org/category/population/) can be obtained from all.vcf.

However, the allele population frequency in subpopulation is not well obtained.

One way is search the web http://grch37.ensembl.org by rs identifier, E.g. http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Variation/Population?db=core;r=1:230845294-230846294;v=rs699;vdb=variation;vf=102788013 .

Another way is calculated on your local machine. The following will introduce how to get allele frequency of CHB population in chr1 chromosome. CHB Han Chinese in Beijing