分类模型的性能评估

最常用的就是灵敏度和特异性,不过还有其他的,比如阴性预测值(negative predictive value, NPV)。

通常,先画一个ROC曲线,计算曲线下面积。ROC上的每个点是特定阈值下,分类的sensitivity和specificity,没多点连起来组成ROC,曲线下面积就是AUC。面积越大越好,如果AUC是1,说明模型能够完全区分要预测的类别。

如果不是1,就要考虑阈值取哪里比较好,这里就涉及到Youden index。Youden index 其实就是为了找到使得sensitivity和specificity之和最大max(sensitivities+specificities)的阈值。

另外就是考虑其他指标来评估分类模型的性能:specificity, sensitivity, accuracy, npv, ppv, precision, recall, tpr, fpr, tnr, fnr, fdr。这些指标可谓琳琅满目,不过这之间有重复的,如下,都是基于tn(真阴), tp(真阳), fn(假阴), fp(假阳)的个数进行计算。

安装黑苹果

最近电脑老是蓝屏,很是恼人,怀疑是win10系统的原因,重装了好几次还是蓝屏,于是决定装个黑苹果,用macOS系统(装好黑苹果MacOS 10.15 Catalina之后,发现可能是硬盘的问题导致蓝屏的,pity)。总结一下过程,看教程的时候很麻烦,实操一遍之后,回顾一下,其实还是蛮简单的,大致过程和装windows一样,就是多了添加clover引导,方便黑苹果从硬盘引导而不是U盘。下面是总结了一下过程,不是详细,方便以后再装

1,设置好分区

此电脑-管理-磁盘管理

(1)确保格式为GPT格式(GUID)

(2)确保有EFI分区

(3)压缩卷,给空出来的卷新建卷,不要选择格式化这个卷(安装黑苹果的过程中会进行)

(4)这个新建的卷就是安装黑苹果的分区

Hello World

In May 24, 2020, I decide to re-build this site. Update with Next theme. Just write and think. 我把wordpress的图片都转放在了github上。最近还创建了一个R包的repo,希望能把自己常用的

Google Docs + PaperPile = 提高生产力

Google Docs的优点:

1,便于协作,多个人可以同时(注意是同时)编辑一个文件,当然有道云笔记,腾讯文档、office 365也可以。 2,可以追踪修订,版本控制 3,虽然office的功能很强大,但平常用的功能,Google Docs都有 4,不用考虑文件同步的问题,有网就有文件,直接编辑即可,实在不行,拿个PAD连个键盘都行 5,可以用插件,比如PaperPile

PaperPile:

我是来到HK之后才接触PaperPile的,和Google Docs配合,插入文件,简直太爽了。我也用百度搜了下看是否有人介绍 PaperPile,很少有介绍的。

可能的原因是大陆用Google Docs不方便,进而不经常用PaperPile。PaperPile有个编辑公司提到 “科研写作在云端:协同写作工具”。这个形容真的是太贴切了,有了PaperPile,感觉文献管理无敌了。

1,插入文献:随便提供文献的网址、题目等,插入即可,简单的不要不要的

2,文献管理:有PaperPile的Chrome插件,随时搜集你喜欢的文献,如果能下载到PDF,PaperPile一并帮你下载好,当然这个需要占用你的Google Drive的空间。你可以设置文件夹,管理不同的文献

3,文献阅读:有时候文献阅读,需要高亮、备注什么的,要用到PDF阅读器,还要考虑电脑间的文件的同步问题,PaperPile最近开发了自己的PDF阅读器,在PaperPile中设置成它自己的阅读器打开文献即可。这样的好处是,只要有网和浏览器,你就可以随时的阅读和标记。这比Endnote什么的方便多了。

Matlab error when running GISTIC

If you instal MCR (MATLAB Compiler Runtime) provided by GISTIC package, may have the following error. This error could disrupt GISTIC. libGL error: failed to load driver: swrast If this situation occurs, rename the file found at " $MATLAB_ROOT/sys/os/glnxa64/libstdc++.so.6" to “libstdc++.so.6.old”, This forces MATLAB to use the OS library. Works for me. Ref: https://ww2.mathworks.cn/matlabcentral/answers/296999-libgl-error-unable-to-load-driver-in-ubuntu-16-04-while-running-matlab-r2013b GISTIC2.0 facilitates sensitive and confident localization of the targets of focal somatic copy-number alteration in human cancers