Sequencing methods

Chip-Seq

染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）与二代测序相结合的表观遗传研究技术，能够高效地在全基因组范围内对DNA和蛋白的相互作用进行检测，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。

染色质免疫沉淀法 (ChIP) 是一种基于抗体的技术，可用来选择性地使特异性 DNA 结合蛋白及其 DNA 靶标富集。ChIP 可用来研究某种特殊的蛋白-DNA 相互作用、多种蛋白-DNA 相互作用或全基因组或部分基因内的相互作用。

ChIP 使用可选择性地检测和结合蛋白的抗体，包括组蛋白、组蛋白修饰、转录因子、辅因子，以提供有关染色质状态和基因转录的信息。在 ChIP 中结合使用蛋白质组分析和分子生物学技术，能够让研究者理解目的细胞或组织中的基因表达和调节。

Hi-C

Hi-C技术源于染色体构象捕获（Chromosome Conformation Capture, 3C）技术，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法，研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质三维结构信息。Hi-C技术不仅可以研究染色体片段之间的相互作用，建立基因组折叠模型，还可以应用于基因组组装、单体型图谱构建、辅助宏基因组组装等，并可以与RNA-Seq、ChIP-Seq等数据进行联合分析，从基因调控网络和表观遗传网络来阐述生物体性状形成的相关机制。

CLIP-Seq

CLIP-seq，又称为HITS-CLIP，即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序(crosslinking-immunoprecipitation and high-throughput sequencing)，是一项在全基因组水平揭示RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。CLIP-seq实验是目前在全基因组水平上确定RNA结合蛋白（RBPs）结合位点的最重要手段（1, 2）。主要原理是基于RNA分子与RBP在紫外照射下发生共价结合，提高RNA结合蛋白与相应RNA靶标的结合强度；并通过蛋白免疫沉淀方法获得目标RBP的结合RNA片段，再通过高通量测序的方法，对结合RNA片段进行测序。

研究RNA与蛋白质的相互作用。

CLASH-Seq

CLASH maps RNA-RNA interactions. In this method, RNA-protein complexes are UV-crosslinked and affinity-purified. RNA-RNA hybrids are ligated, isolated, and reverse-transcribed into cDNA. Deep sequencing of the cDNA provides high-resolution chimeric reads of RNA-RNA interactions.

Similar methods: miTRAP, SPLASH, hiCLIP, RAP, RPL