When I in senior high school, the Human Genome Project (HGP) was comparable with Project Apollo for human beings.

我上高中的时候，生物课本上有关于人类基因组计划的介绍。那个时候人们以为将人类的基因组序列搞清楚之后，就可以破译生命的奥秘。人类基因组计划耗费了很长时间很多年，但人类还是无法掌握生命的奥秘，更不知道这项工程还有多大价值。

但正是因为这项计划，促使科技的进步使得高通量测序技术出现，发展，普及。现在的生物学研究，已经离不开高通量测序，测序带来的信息量是前所未有的。正是这前所未有的信息和数据，才显得那么迷人。

1,下载control freec

地址：http://bioinfo-out.curie.fr/projects/freec/src/FREEC_Linux64.tar.gz

2，编译

tar -zxvf FREEC_Linux64.tar.gz
make

3，control freec根据配置文件进行工作，运行control freec之前需要进行的准备工作有

生物信息学中，David（the Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery）是常用的注视工具，可以对基因进行GO注释，KEGG pathway注释等，David提供接口供批量注释调用。

David的网址https://david.ncifcrf.gov/，api介绍https://david.ncifcrf.gov/content.jsp?file=DAVID_API.html

不是生物信息学的朋友，可以重点关注分析思路。 以Entrez gene id为1002的基因为例，返回GO，interpro等注释信息的api格式为

http://david.abcc.ncifcrf.gov/api.jsp?type=ENTREZ_GENE_ID&ids=1002,&tool=annotationReport&annot=GOTERM_BP_FAT,GOTERM_CC_FAT,GOTERM_MF_FAT,INTERPRO,PIR_SUPERFAMILY,SMART,BBID,BIOCARTA,KEGG_PATHWAY,COG_ONTOLOGY,SP_PIR_KEYWORDS,UP_SEQ_FEATURE,GENETIC_ASSOCIATION_DB_DISEASE,OMIM_DISEASE。

用python应用urllib2的包，抓取上述网页的结果为

作者：柳永- 宋 对潇潇暮雨洒江天，一番洗清秋。 渐霜风凄紧，关河冷落，残照当楼。 是处红衰翠减，苒苒物华休。 唯有长江水，无语东流。 不忍登高临远，望

基因组装配工具Falcon工作流程

1 Falcon简介

Falcon (Fast Alignment and CONsensus)，是由PacBio(太平洋生物科技公司)新开发的二倍体基因组从头拼接组装工具，由HGAP（Hierarchical Genome Assembly Process）扩展而来，但拥有更快的拼接组装效率。 Falcon的正常运行，需要DAZZ_DB模块用来构建序列的数据库，DALIGNER模块进行序列比对寻找序列之间的重叠和pypeFLOW模块记录和追踪流程进度。