NC编号与对应的染色体

NC编号 染色体 NC_000001.10 Chr1 NC_000002.11 Chr2 NC_000003.11 Chr3 NC_000004.11 Chr4 NC_000005.9 Chr5 NC_000006.11 Chr6 NC_000007.13 Chr7 NC_000008.10 Chr8 NC_000009.11 Chr9 NC_000010.10 Chr10 NC_000011.9 Chr11 NC_000012.11 Chr12 NC_000013.10 Chr13 NC_000014.8 Chr14 NC_000015.9 Chr15 NC_000016.9 Chr16 NC_000017.10 Chr17 NC_000018.9 Chr18 NC_000019.9 Chr19 NC_000020.10 Chr20 NC_000021.8 Chr21 NC_000022.10 Chr22 NC_000023.10 ChrX NC_000024.9 ChrY NC_012920.1 ChrM PS:NC编号中的点后面代

wget命令小结

下载文件夹 $ wget -c -r -nd -np -k -L -p -A c,h www.xxx.org/pub/path/

-c 断点续传 -r 递归下载,下载指定网页某一目录下(包括子目录)的所有文件 -nd 递归下载时不创建一层一层的目录,把所有的文件下载到当前目录 -np 递归下载时不搜索上层目录,如wget -c -r www.xxx.org/pub/path/ 没有加参数-np,就会同时下载path的上一级目录pub下的其它文件 -k 将绝对链接转为相对链接,下载整个站点后脱机浏览网页,最好加上这个参数 -L 递归时不进入其它主机,如wget -c -r www.xxx.org/ 如果网站内有一个这样的链接: www.yyy.org,不加参数-L,就会像大火烧山一样,会递归下载www.yyy.org网站 -p 下载网页所需的所有文件,如图片等 -A 指定要下载的文件样式列表,多个样式用逗号分隔

利用wordcloud R包绘制词云

根据词的频率,以词云的形式展示,更加具有表现力。词在’词云’图中字号越大,重要性也就越高。主要涉及数据的挖掘,和数据的展示(可视化)。

下面的代码为利用wordcloud包绘制上面词云图

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install.packages("wordcloud")
> library(wordcloud)
> mydata mycolors  png("wordcloud_packages.png", width=400,height=400, units='in', res=900)
> wordcloud(mydata$词汇,mydata$词频,random.order=FALSE,random.color=T,colors=mycolors,family="myFont3",min.freq=0)
> dev.off()

测试文件下载:TXT

microRNA数据库与预测、功能分析软件大全

1.miRBase: http://www.mirbase.org

miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA 序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。

2.miRecords: http://mirecords.biolead.org/

动物 miRNA 的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.

3.PMRD: http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

PMRD是一个关于植物MicroRNA 数据库,包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等,并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。