STAR-FUSION和FusonAnnotator都属于Trinity Trinity Cancer Transcriptome Analysis Toolkit Fusion-finding modules。 CTAT_HumanFusionLib现阶段整合了各种资源帮助分析癌症生物学相关的fusion，同样也鉴别可能在正常样本只能出现的fusion。下载地址：https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/

FusionAnnotator –genome_lib_dir GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_July192017/ctat_genome_lib_build_dir/
–annotate fusions.list.txt fusions.list.txt为star-fusion的结果中的第一列，两个参与融合的基因中间用–连在一起，就可以用FusionAnnotator进行注释，相关的标签会注释到融合基因上。

会有三类标签，每类下面又有很多具体的来源标签： Fusions relevant to cancer biology Individual genes of cancer relevance, which may show up in fusions Red Herrings: Fusion pairs that may not be relevant to cancer, and potential false positives.

通过注释，就可以了解到分析结果中的融合基因是否在其他数据库中出现过，或者可能是和癌症无关的突变。

需求，把多台服务器组成一个cluster(SGE)，把一台电脑（比如存储）的home文件件共享给其他服务器(NFS)，共用一个home文件夹，并进行用户的统一管理(NIS)。

操作系统为操作系统：CentOS，用virtual box虚拟出来的系统做测试。 server端：10.0.2.5 client或compute端：在同样网段


T细胞工作原理

T细胞在胸腺中发育后，它们可以在血液或淋巴系统中游走或迁移到体内的不同器官。只要特定的入侵者刺激它们，辅助性T细胞就会产生化学物质。有些化学物质触发B细胞发育成浆细胞，而另一些化学物质则刺激杀伤性T细胞靶向并杀死可能被侵入者感染或癌变的细胞。 调节性T细胞有助于控制免疫反应，防止其失控。自然杀伤T细胞也产生化学物质，以帮助调节免疫反应，防止入侵者和肿瘤。在免疫反应结束后，记忆T细胞在体内停留很长一段时间。这样，如果同样的入侵者再次出现，它们就能迅速做出反应，并繁殖产生大量的T细胞来消灭它。

肿瘤中的新抗原neoantigen引起的T细胞介导的免疫监视会影响肿瘤的进化，新抗原的缺失或者抗原呈递功能受损都会导致肿瘤的免疫逃逸。可能有以下几点：

1，DNA水平：通过拷贝数丢失，导致neoantigen也发生丢失

2，RNA水平：抑制包含neoantigen的转录本表达

3，表观水平：沉默编码neoantigen的片断

4，翻译后水平：蛋白质降解，呈递功能缺失等

5，免疫系统的选择性纯化：清除包含neoantigen的肿瘤亚克隆。

最近找smrt analysis 2.3的程序，真是太辛苦了。我不想用SMRT的图形界面，pacbio又把github上的相关项目obsolete了，tofu项目也没了，pbtranscript装起来各种错误，实在要放弃了，还好看到有人做了2.3的docker镜像。用最近的SMRT6.0中的isoseq3的同学可以忽略本文，isoseq3请移步https://github.com/PacificBiosciences/IsoSeq3/blob/master/README_v3.1.md。