肿瘤免疫表型-cold (excluded, desert) and hot

2021-10-11

Default Category

根据免疫状态，肿瘤可以分为hot，肿瘤内外富集免疫浸润淋巴细胞，有明显的免疫浸润性；excluded，免疫细胞没有浸润到肿瘤内部而富集在肿瘤外部，desert，肿瘤不怎么有免疫浸润细胞。

理论上讲，hot tumor更能从免疫治疗获得收益。

Tumor immune phenotypes

C++14 standard requested but CXX14 is not defined

2021-09-09

Default Category

在安装R包的时候遇到报错，C++14 standard requested but CXX14 is not defined

查了很多办法，刚开始是根据https://github.com/stan-dev/rstan/issues/892修改.R下面的Makevars，

但是包另外一个错g++: error: unrecognized command line option ‘-std=c++14’

于是继续查到c++1y这个问题，但依然没有解决问题。

复盘了一下，感觉是gcc的问题，所以升级了最新的gcc

1
2
3
4


# 系统是CentOS
sudo yum install centos-release-scl
sudo yum install devtoolset-10
scl enable devtoolset-10 bash

但是装包的时候新版的gcc依然不能别识别，所以修改Makevars，最终用了如下的配置,重点是指定了新版的g++和c++的路径，这样问题就解决了

 1
 2
 3
 4
 5
 6
 7
 8
 9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31


MAKEFLAGS = -j18

## C++ flags
CXX=g++
CXX11=g++
CXX14=/opt/rh/devtoolset-9/root/usr/bin/g++
CXX17=g++

CXXFLAGS=-O3 -march=native -Wno-ignored-attributes
CXX11FLAGS=-O3 -march=native -Wno-ignored-attributes
CXX14FLAGS=-O3 -march=native -Wno-ignored-attributes
CXX17FLAGS=-O3 -march=native -Wno-ignored-attributes

CXXPICFLAGS=-fPIC
CXX11PICFLAGS=-fPIC
CXX14PICFLAGS=-fPIC
CXX17PICFLAGS=-fPIC

CXX11STD=-std=c++11
CXX14STD=-std=c++14
CXX17STD=-std=c++17

## C flags
CC=/opt/rh/devtoolset-10/root/usr/bin/gcc
FLAGS=-O3 -march=native

## Fortran flags
FC=gfortran
F77=gfortran
FFLAGS=-O3 -march=native
FCFLAGS=-O3 -march=native