公开的转录组数据集多为原始形式，格式不统一、处理方式各异，难以有效利用，所以我想找一个经过标准流程清洗了GEO/SRA数据集的数据库，这样可以直接用清洗后的结果，而不用每个数据集单独处理。recount2（https://jhubiostatistics.shinyapps.io/recount/）就是类似的数据库，但只提供了2038个数据集，远远不够。

今天发现了ARCHS4（https://archs4.org/），感觉满足我目前的需求。ARCHS4数据源于GEO 和 SRA 数据库，还纳入了线虫、果蝇等其他物种的 35000 个样本数据，用的比对软件是Kallisto。数据维护一直在更新，还提供了分析和下载工具（https://github.com/MaayanLab/archs4py）。

RNA-Seq这块，提供了966693个样本比对结果，还提供了样本的tSNE结果，基因相关性结果。

参考：

https://archs4.org/

https://www.nature.com/articles/s41467-018-03751-6

https://github.com/MaayanLab/archs4py

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#Author: Jason

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