Map NM ID to Gene Symbol

新年快乐,21年的第一篇文章。

以前写过映射ENSEMBL ID 和 NCBI ID, https://www.zxzyl.com/archives/736

日常分析中,我们也会经常遇到其他的ID mapping的工作,这种工作不是基因ID转基因ID,而是转录本的ID转基因ID。

如果用的是refGene的注释,最简单了,直接用下面的命令即可

mysql --user=genome -N --host=genome-mysql.cse.ucsc.edu -A -D hg38 -e "select name,name2 from refGene"

不过我也经常通过解析gtf文件获得,因为gtf有转本的ID,也有基因的symbol或者ID,只要有gtf文件就可以提取。本着不造轮子的精神,我利用的是现成的R包

library(plyranges)
gr <- read_gff("/path/to/gtf/or/gff") %>% select(transcript_id, gene_id, gene_name)
gr <- unique(data.frame(gr))

我也在自己的包里面写了一个函数得到ensembl,refseq,hgnc,gene symbol的对应关系,biomaRt比较慢,可以把结果保存成文件

devtools::install_github("ProfessionalFarmer/loonR")
# 需要安装biomaRt和dplyr
mapping.table <- loonR::get_full_mapping_table()
# 保存mapping.table

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#Author: Jason
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