Picard—RuntimeIOException: java.io.IOException: No space left on device

在用Picard跑sortSam或者markDuplicate的时候,报错

RuntimeIOException: java.io.IOException: No space left on device

提示硬盘空间不足,实际上节点的硬盘空间是够的。这是因为Picard在做这两个处理的时候,会生成临时文件,临时文件默认储存在系统的tmp文件夹。这个文件夹内的文件存储一些程序和软件的临时文件,在RHEL6中,系统自动清理/tmp文件夹的默认时限是30天。可以通过/etc/cron.daily/tmpwatch配置,在Ubuntu中,系统自动清理/tmp文件夹的时限默认每次启动。而全基因组和全外显子组的数据非常大,现在分给系统的空间都很小,导致tmp文件夹写满而报错。

处理方法:

在个人home文件夹下,新建一个tmp文件夹,每次运行picard的时候,指定IO临时文件夹为这个文件夹。

mkdir $HOME/tmp
java -Xmx2g -Djava.io.tmpdir=$HOME/tmp -jar SortSam.jar SORT_ORDER=coordinate INPUT=input.bam OUTPUT=output.sort TMP_DIR=$HOME/tmp

不能使用~,picard会在工作目录下创建’~’文件夹。

参考:
https://www.biostars.org/p/42613/
https://www.cnblogs.com/hnrainll/archive/2011/06/08/2074976.html

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#Author: Jason
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