Breakdancer——Error: no bams files in config file!

breakdancer在call structure variant的时候,生成的文件中只有一行报错的信息 Error: no bams files in config file!

这是因为breakdancer在call SV之前,要先生成配置文件cfg文件。生成cfg文件的依据,是统计bam文件中paired read的插入长度,read的平均长度等信息。如果bam文件中的read都不是配对的或者很少有配对的,在运行bam2cfg.pl时,就会生成空的配置文件,导致检测不出SV,报 Error: no bams files in config file! 错误。

解决方法:

1,准备正确的bam文件,确保足够的配对读长paired reads,以便生成cfg配置文件

2,同一批样本的插入长度,read平均长度等都差不多,可以将其他文件生成的cfg文件中的 map: 选项后改为你的bam文件。即利用其他bam文件生成的cfg文件,当作要检测SV的bam的配置。

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#Author: Jason
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