测序正负链和转录翻译正负链概念

测序中的正负链

测序之前,要先将序列打断,进行建库。在建库的时候是不区分正负链的,所以在后续测序过程中产生序列也不包含正负链信息。

但是,测的read要往参考基因组上比对,以便知道read在基因组中的位置。参考基因组中每条染色体只有一条序列,这条序列表示的序列即为正链序列,常用‘+’表示,与正链互补的序列为负链,用‘-’表示。

对一条染色体而言,只有一条正链序列,互补的即为负链。

文献或者数据库中提到的基因所在strand,即为这里所提的正负链。

转录翻译中的正负链

根据中心法则,DNA转录成mRNA,mRNA翻译成蛋白质。

其中mRNA只能从一条DNA链,根据碱基互补配对转录形成一条RNA链,这条链叫anti-sense strand无义链或者叫template strand模板链.因为它与mRNA序列互补。

mRNA与另一条链序列相同,除了T被U取代,简单说,在转录中,正链就是与RNA序列相同的那一个dna单链;复制中,正链就是与新链序列相同的原单链,非模板链。对应的链就是负链了。

即互补的链为模板链,负链。相同序列的链为正链。

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#Author: Jason
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