启动子分析预测数据库


Promoter 2.0 Prediction Server
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
很早之前的预测启动子在线软件,要求输入的gene序列为FASTA格式,可以在线做


Berkeley Drosophila Genome Group
http://fruitfly.org:9005/seq_tools/promoter.html
果蝇基因组相关信息,利用神经网络预测启动子序列


McPromoter
http://tools.genome.duke.edu/generegulation/McPromoter/McPromoter.html
马尔科夫预测gene的转录其实位点,新版本只提供果蝇


EPD Eukaryotic Promoter Database
http://epd.vital-it.ch/
比较全的基因启动子数据,并且经过试验验证;同时数据库给出UCSC中gene起始位点的数据下载链接。

真核生物启动子数据库主要收集了真核POL II启动子的相关数据,这些启动子是均是已经被注释的,转录的起始位点也是通过试验验证的。用户可以通过输入核苷酸序列查找到启动子所在的位置。数据库将会为这些启动子提供转录起始点扫描数据,相关数据库的链接和原始文献的介绍。RPD为用户提供了一种独特而有效地查询方法,它通过比较序列提取出有生物学意义的启动子子集。同时它对初学者提供了详细的使用说明。RPD由瑞士生物信息学会支持。


SCOPE
http://genie.dartmouth.edu/scope/
利用计算方法在线预测gene的启动子,可以查看很多个物种,并且给出物种数据信息来源链接


PROMOTERS TERMINATORS
http://molbiol-tools.ca/Promoters.htm
收集了预测细菌启动子、真核生物启动子、转录终止位点的预测工具


FPROM
http://www.softberry.com/berry.phtml?topic=index&group=programs&subgroup=promoter提供人类启动子预测,在线提交序列,可以设置TATA阈值


Promoters
http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=bprom&group=programs&subgroup=gfindb
提供3种启动子预测工具,BPROM (bacterial)、TSSP (plant) 、TSSG& TSSW (human)。该数据库还有其它很多功能,如剪切位点寻找、SNP筛选、表达谱分析等


PlantProm DB
http://linux1.softberry.com/berry.phtml?topic=plantprom&group=data&subgroup=plantprom
各种植物物种的经过实验验证的RNA聚合酶II结合位点,作为可能的启动子区域。


microPIR microRNA-Promoter Interaction Resource
http://www4a.biotec.or.th/micropir2/
包含15 million个预测的位于人类启动子区域的miRNA目标位点。这些预测的miRNA靶标,依据的是基因组和实验数据,使得microPIR成为含有miRNA promter靶标的全面数据库。


关于softberry提供的启动子预测服务索引,可以参见
http://www.softberry.com/berry.phtml?topic=index&group=programs&subgroup=promoter


MPromDb
http://mpromdb.wistar.upenn.edu/login
收集小鼠和人类的启动子,注册后可下载数据


TFBIND
http://tfbind.hgc.jp/
结合TRANSFAC数据库预测gene的启动子,使用的TRANSFAC版本为TRANSFACR.3.4


WWW Promoter Scan
http://www-bimas.cit.nih.gov/molbio/proscan/
基于scoringhomologies 预测真核生物Pol II 启动子序列,是个在线预测工具;接受多种输入格式;预测工具为
PROSCANVersion 1.7


genomatrix software suite
http://www.genomatix.de/cgi-bin//sessions/login.pl?s=77c3fb3ec77cfa5b90236270b8056f04
先注册后使用。可以预测分析promoter、TF、variant等分析;提供分析的tools,如geneidBedBAM文件文件处理等


phiSITE
http://www.phisite.org/main/index.php?nav=tools&nav_sel=hunter
该数据库是(噬菌体基因调控数据库),提供的工具“promoterhunter”可以预测元原核生物的启动子序列,要求输入FASTA格式序列


DBTSS
http://dbtss.hgc.jp/index.html
7个物种(人类、小鼠、大鼠、疟原虫、红藻、穴居人、猴)的转录起始位点预测,这些TSS位点是经过TSS-seq实验验证的。可以查看TSS区域的SNV信息


AtProbe
http://exon.cshl.org/cgi-bin/atprobe/atprobe.pl
拟南芥启动子结合元件数据库,给出的元件有118个、基因76个


FirstEF
http://rulai.cshl.org/tools/FirstEF/
预测人类启动子和第一个外显子的在线工具


Tfsitescan
http://www.ifti.org/cgi-bin/ifti/Tfsitescan.pl
哺乳动物、酵母、果蝇、植物、原核生物等启动子序列的预测


SCPD Promoter Database of Saccharomyces cerevisiae
http://rulai.cshl.edu/SCPD/
提供6000多个酿酒酵母基因的启动子区域


CpGProD CpG island Promoter Detection
http://doua.prabi.fr/software/cpgprod
在大规模哺乳动物序列中,鉴定与CpG岛有关的启动子区域,尽管预测的启动子能覆盖50%的基因,但又更好的灵敏度和精确度。此外,也预测DNA链上的方向。主要是人和小鼠,提供在线和本地版。


参考: 云生信
后续补充

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