安装BioMart Perl及利用BioMart Perl API下载数据

上篇介绍了如何利用ensembl的biomart服务下载ensembl gene id与NCBI entrez gene id的对应关系时,最后一步是保存result。biomart也提供通过biomart-perl,在本地通过perl脚本下载,并通过标准输出到终端上。biomart提供生成好的perl脚本,只需在选择好相关attribute和filter之后,点击中间上方的perl即可。
biomart-perl-api

一,安装 biomart_perl

1,第一步就是安装biomart_perl

具体文档可以参考http://www.biomart.org/other/install-overview.html页面的1.2小节。

cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart login
##password: CVSUSER
cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart co -r release-0_7 biomart-perl
echo "PERL5LIB=${PERL5LIB}:/path/to/biomart-perl/libnexport PERL5LIBn" >> ~/.bashrc

2,安装相关依赖模块

## install depend module
sudo cpan install XML::Simple
sudo cpan install Log::Log4perl
sudo cpan install XML::DOM

3,添加registry

通过添加registry,告诉biomart-perl相关的服务器地址。
编辑/path/to/biomart-perl/conf/martURLLocation.xml ,清除标签及标签中间的内容,打开http://asia.ensembl.org/biomart/martservice?type=registry,将此页面的内容复制到”$confFile” l文件中。

二,准备biomart_perl脚本

1,生成perl脚本

在选择好相关attribute和filter之后,点击中间上方的perl,保存生成的内容到本地,比如down.pl。
biomart-perl-api-show-scrip

2,修改perl脚本

1) 将”$confFile” 变量换成本地的registry文件(比如,/path/to/biomart-perl/conf/martURLLocation.xml)
2) 将”$action” 变量改为”clean”
biomart-perl-api-modify-scrip

三,下载数据

perl downl.pl
biomart-perl-api-downloadinfo

参考:http://asia.ensembl.org/info/data/biomart/biomart_perl_api.html?redirect=no

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#Author: Jason
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