上篇介绍了如何利用ensembl的biomart服务下载ensembl gene id与NCBI entrez gene id的对应关系时，最后一步是保存result。biomart也提供通过biomart-perl，在本地通过perl脚本下载，并通过标准输出到终端上。biomart提供生成好的perl脚本，只需在选择好相关attribute和filter之后，点击中间上方的perl即可。

一，安装 biomart_perl

1，第一步就是安装biomart_perl

具体文档可以参考http://www.biomart.org/other/install-overview.html页面的1.2小节。

cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart login
##password: CVSUSER
cvs -d :pserver:cvsuser@cvs.sanger.ac.uk:/cvsroot/biomart co -r release-0_7 biomart-perl
echo "PERL5LIB=${PERL5LIB}:/path/to/biomart-perl/libnexport PERL5LIBn" >> ~/.bashrc

2，安装相关依赖模块

## install depend module
sudo cpan install XML::Simple
sudo cpan install Log::Log4perl
sudo cpan install XML::DOM

3，添加registry

通过添加registry，告诉biomart-perl相关的服务器地址。
编辑/path/to/biomart-perl/conf/martURLLocation.xml ，清除标签及标签中间的内容，打开http://asia.ensembl.org/biomart/martservice?type=registry，将此页面的内容复制到”$confFile” l文件中。

二，准备biomart_perl脚本

1，生成perl脚本

在选择好相关attribute和filter之后，点击中间上方的perl，保存生成的内容到本地，比如down.pl。

2，修改perl脚本

1） 将”$confFile” 变量换成本地的registry文件（比如，/path/to/biomart-perl/conf/martURLLocation.xml）
2） 将”$action” 变量改为”clean”

三，下载数据

perl downl.pl

参考：http://asia.ensembl.org/info/data/biomart/biomart_perl_api.html?redirect=no

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#Author: Jason
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