M值和B值的计算公式

https://link.springer.com/article/10.1186/s41241-017-0041-9

The relationship curve between M-value and Beta-value

M值和B值的对应关系

The histograms of Beta-value (left) and M-value (right) (27578 interrogated CpG sites in total)

M值和B值的分布

minfi包有getM和getBeta来分别计算M-values和Beta-values,包的作者认为,

  • M-values具有更好的统计特性,更适合用于进行下游的统计分析(差异分析等)
  • Beta-values更加容易解释,更能说明生物学上的意义

一般来说,具体的β值的意义是:

  • 任何等于或大于0.6的β值都被认为是完全甲基化的
  • 任何等于或小于0.2的β值被认为是完全未甲基化的
  • β值在0.2和0.6之间被认为是部分甲基化的。

参考:

https://zhuanlan.zhihu.com/p/108364645

https://link.springer.com/article/10.1186/s41241-017-0041-9