EBI提供HLA序列BLAST

基于我们有的HLA序列,可以和HLA序列的数据库比较,看与哪个HLA allele最相似。

HLA (human leukocyte antigen,人类白细胞抗原)是人类主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)的表达产物,根据HLA抗原结构、功能及组织分布的不同,分为I类,II类,III类分子,其中I类分子包括HLA-A,-B,-C系列抗原,广泛分布于各组织有核系统表面。

BLAST表示局部比对搜索工具,用来将新的序列与已有的数据库中的序列进行比较,可以发现区域的相似性,进而为功能和进化研究提供线索。
EBI(欧洲生物信息学中心)提供基于IPD-IMGT/HLA(IMGT国际免疫遗传学数据库)数据库的BLAST库。BLAST工具会搜索数据库中的HLA allele的核苷酸、蛋白质及相关对的序列。

HLA BLAST在线服务的链接如下:
https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/web_ncbiblast/toolform.ebi?tool=ncbiblast&context=nucleotide&database=imgthla

1)选择数据库


选择IMGT下的IMGT/HLA (genomic)数据据,表示与HLA的基因组序列进行比对,如果需要和编码区序列进行比对,可以选择IMGT/HLA (cds)。

2)输入待比对的序列

BLAST支持简并碱基的比对,比如用R表示G或A (puRine),用A表示M表示A或C。

3)设置参数


选择blastn表示进行核苷酸序列比对,task可以用megablast也可以用blastn,其他参数可以选择默认。

4)提交任务

点击submit提交任务。

5)等待结果

一般情况下,会在10秒左右进入比对结果页面。结果页面包含相似性和显著性结果。

测试序列

CGAACTTGGCGGGTCTCAGCCCTCCTSGCCCCAGGCTCCCACTCCATGAGGTATTTCTACACCGCCATGTCCCGGCCCGG
CCGCGGGGAGCCCCGCTTCATCRCMGTGGGCTACGTGGACGACACSCAGTTCGTGMGGTTCGACAGCGACGCCRCGAGTC
CGAGRRKGGMGCCSCGGGCGCCRTGGRTRGAGCAGGAGGGGCCGGAGTATTGGGACCGGAASACACAGATCTMCAAGGCC
MASGCACAGACTGACCGAGAGAACCTGCGSAACCTGCTCGGCTACTACAACCAGAGCGAGGCCGGTGAGTGACCCCGGCC
CGGGGCGCAGGTCACGACTCCCCATCCCCCACGKACGGCCCGGGTCGCCCCGAGTCTCCGGGTCCGAGATCCGCCTCCCT
GAGGCCGCGGGACCCGCCCAGACCCTCGACCGGCGAGAGCCCCAGGCGCGTTTACCCGGTTTCATTTTCAGTTGAGGCCA
AAATCCCCGCGGGTTGGTCGGGGCGGGGCGGGGCTCGGGGGACGGGGCTGACCGCGGGGCCGGGGCCAGGGTCTCACACT
TGGCAGACGATGTATGGCTGCGACCTGGGGCCGGACGGGCGCCTCCTCCGCGGGCATAACCAGTTAGCTACGACGGCAGG

该序列的测试结果,与本地blast的结果一致。

参考:

https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/blast.html

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#Author: Jason
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