构建ClusterProfiler KEGG db

Tue, 14 Apr 2026 17:13:01 +0800

ClusterProfiler运行enrichKEGG的时候，需要先下载KEGG的数据。但最近一直下载不成功，报错如下

Reading KEGG annotation online: "https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway"...
Warning message:
In (function (con = stdin(), n = -1L, ok = TRUE, warn = TRUE, encoding = "unknown",  :
  URL 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway': Timeout of 60 seconds was reached
Error:
! cannot read from connection
Show Traceback

有说更换下载方式的

1
2

options(clusterProfiler.download.method = "auto")
# “internal”、“wininet”（Windows下）、“libcurl”、“wget”和“curl”,"auto"

但还是不成功。只能自己构建一个库了。根据https://yulab-smu.top/biomedical-knowledge-mining-book/022-kegg.html说明

# 安装包，确保能访问，我在windows下安装的
remotes::install_github("YuLab-SMU/createKEGGdb")
library(createKEGGdb)
# create KEGG.db for human and Arabidopsis
create_kegg_db(c("hsa"))
# 这样在getwd()目录下生成了KEGG.db_1.0.tar.gz文件
# 上传到服务器上，安装
install.packages("KEGG.db_1.0.tar.gz", repos=NULL, type="source")

这样的话，以后用的时候，加上use_internal_data = TRUE即可。

library(KEGG.db)
kk <- enrichKEGG(gene         = gene,
                 organism     = 'hsa',
                 pvalueCutoff = 0.05,
                 use_internal_data = TRUE)

如果你一直没有下载成功，我备了一份KEGG.db_1.0.tar.gz，打包了hsa和mmu的，直接用即可。下载地址：

KEGG.db_1.0.tar.gz

ClusterProfiler on Zhongxu blog

构建ClusterProfiler KEGG db