标签归档:stat

SAMtools自带的统计命令–idxstats、stat、flagstat、bedcov和depth命令

SAMtools不仅仅用来call snp。从samtools的软件名就能看出,是对SAM格式文件进行操作的工作,比如讲sam转成bam格式,index,rmdup等等。samtools结合linux命令比如grep,awk和SAM格式描述的flag,tag,亦是非常非常非常强大,比如根据flag过滤duplicate的reads,根据XA tag过滤multiple hit的reads。本文在此只介绍一下samtools的统计命令,能快速对bam文件进行各种统计。

samtools的自带的几种统计工具
samtool idxstats
检索和打印与输入文件相对应的index file里的统计信息,所以要对输入的bam文件进行index
reference sequence name, sequence length, # mapped reads and # unmapped reads
chr1 249250621 4998344 1005
chr2 243199373 3020248 595
chr3 198022430 2418804 449

samtools bedcov
计算覆盖到每个区域的总碱基数目
chr start-1 end totalbase
chr1 100000 1000000 1709228
chr2 2000000 65885852 64362582

samtools depth
计算每个位点的深度
#chr pos depth
chr1 1 5
chr1 2 5

samtools flagstat
根据flag统计多少map的reads等信息
43444444 + 0 in total (QC-passed reads + QC-failed reads)
5863846 + 0 secondary
0 + 0 supplementary
0 + 0 duplicates
43431948 + 0 mapped (99.97%:-nan%)
37580598 + 0 paired in sequencing
继续阅读