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甲基化芯片中的M值和B值

M值和B值的计算公式

M B value

The relationship curve between M-value and Beta-value

M值和B值的对应关系

M B value

The histograms of Beta-value (left) and M-value (right) (27578 interrogated CpG sites in total)

M值和B值的分布

M B value

minfi包有getM和getBeta来分别计算M-values和Beta-values,包的作者认为,

  • M-values具有更好的统计特性,更适合用于进行下游的统计分析(差异分析等)
  • Beta-values更加容易解释,更能说明生物学上的意义
  • CHAMP包在load的时候,可以指定计算Beta-value还是M-value

    一般来说,具体的β值的意义是:

  • 任何等于或大于0.6的β值都被认为是完全甲基化的。
  • 任何等于或小于0.2的β值被认为是完全未甲基化的。
  • β值在0.2和0.6之间被认为是部分甲基化的。
  • 参考:

    https://zhuanlan.zhihu.com/p/108364645

    https://link.springer.com/article/10.1186/s41241-017-0041-9

    确定物理网口对应的名称以及配置静态IP

    确定物理网口对应的名称

    在一台ubuntu的机器上,有四个物理网口,我想知道每个网口对应的MAC地址。使用ip a可以看到网口的MAC地址和名称,比如列出了ens1f0, ens1f1, ens4f0, ens4f1。
    原来的网卡interface都是eth开头,后来改成了enp, ens等。

    Names incorporating Firmware/BIOS provided index numbers for on-board devices (example: eno1)
    Names incorporating Firmware/BIOS provided PCI Express hotplug slot index numbers (example: ens1)
    Names incorporating physical/geographical location of the connector of the hardware (example: enp2s0)
    Names incorporating the interfaces’s MAC address (example: enx78e7d1ea46da)
    Classic, unpredictable kernel-native ethX naming (example: eth0)

    那么如何确定机器上的ens1f0对应的哪个物理网口呢,可以用ethtool来实现,ethtool是用于查询及设置网卡参数的命令。用ethtool -p enos1f1,看哪个网口在闪灯,就能确定这个物理网口对应的名称。记得不要插网线。

    ethtool -p|--identify DEVNAME   Show visible port identification (e.g. blinking)

    如果没有一个网口亮灯,很可能是因为网口不支持,则可以尝试ethtool -t enosf1f1,大概在4秒之后,网口的灯会亮,这个时候就可以确定enos1f1对应的具体的物理网口了。

    ethtool -t|--test DEVNAME       Execute adapter self test

    很简单的一个命令,知道了就很简单,不知道就很难想到。

    配置静态IP

    /etc/netplan/00-installer-config.yaml
    
    network:
      ethernets:
        enp0s3:  # 网卡名
          addresses: [192.168.1.3/24] # ip地址和子网掩码,24对应255.255.255.0
          gateway4: 192.168.1.1 # 网关
          nameservers:
            addresses: [4.2.2.2, 8.8.8.8] # DNS
      version: 2
    

    配置好了之后,生效
    sudo netplan apply

    分类模型的性能评估

    最常用的就是灵敏度和特异性,不过还有其他的,比如阴性预测值(negative predictive value, NPV)。


    通常,先画一个ROC曲线,计算曲线下面积。ROC上的每个点是特定阈值下,分类的sensitivity和specificity,没多点连起来组成ROC,曲线下面积就是AUC。面积越大越好,如果AUC是1,说明模型能够完全区分要预测的类别。

    如果不是1,就要考虑阈值取哪里比较好,这里就涉及到Youden index。Youden index 其实就是为了找到使得sensitivity和specificity之和最大max(sensitivities+specificities)的阈值。

    另外就是考虑其他指标来评估分类模型的性能:specificity, sensitivity, accuracy, npv, ppv, precision, recall, tpr, fpr, tnr, fnr, fdr。这些指标可谓琳琅满目,不过这之间有重复的,如下,都是基于tn(真阴), tp(真阳), fn(假阴), fp(假阳)的个数进行计算。

     

    预测

    P

    N

    实际

    P

    TP

    FN

    N

    FP

    TN

    因为经常用到,就罗列了一下。

    具体描述 公式 别名
    tn True negative count真阴数
    tp True positive count真阳数
    fn False negative count假阴数
    fp False positive count假阳数
    specificity Specificity特异度 tn / (tn + fp) tnr
    sensitivity Sensitivity灵敏度 tp / (tp + fn) recall, tpr
    accuracy Accuracy正确率 (tp + tn) / N
    npv Negative Predictive Value阴性预测值 tn / (tn + fn)
    ppv Positive Predictive Value阳性预测值 tp / (tp + fp) precision
    precision Precision精准率 tp / (tp + fp) ppv
    recall Recall正确率 tp / (tp + fn) sensitivity, tpr
    tpr True Positive Rate真阳性率 tp / (tp + fn) sensitivity, recall
    fpr False Positive Rate假阳性率 fp / (tn + fp) 1-specificity
    tnr True Negative Rate真阴性率 tn / (tn + fp) specificity
    fnr False Negative Rate假阴性率 fn / (tp + fn) 1-sensitivity
    fdr False Discovery Rate伪发现率 fp / (tp + fp) 1-ppv

    安装黑苹果

    最近电脑老是蓝屏,很是恼人,怀疑是win10系统的原因,重装了好几次还是蓝屏,于是决定装个黑苹果,用macOS系统(装好黑苹果MacOS 10.15 Catalina之后,发现可能是硬盘的问题导致蓝屏的,pity)。总结一下过程,看教程的时候很麻烦,实操一遍之后,回顾一下,其实还是蛮简单的,大致过程和装windows一样,就是多了添加clover引导,方便黑苹果从硬盘引导而不是U盘。下面是总结了一下过程,不是详细,方便以后再装

    1,设置好分区

    此电脑-管理-磁盘管理

    (1)确保格式为GPT格式(GUID)

    (2)确保有EFI分区

    (3)压缩卷,给空出来的卷新建卷,不要选择格式化这个卷(安装黑苹果的过程中会进行)

    (4)这个新建的卷就是安装黑苹果的分区

    2,制作 MacOS 安装盘

    (1)下载镜像

    强烈推荐 “黑果小兵“ 的网站: https://blog.daliansky.net/

    上面可以找OS的镜像,含有Clover引导

    (2)制作安装U盘

    下载Transmac: https://transmac.en.softonic.com/

    有15天的试用期

    选择 format with disk image,选择下载的OS文件,等待完成

    3,安装Mac OS

    (1)设置BIOS

    不同的电脑的BIOS稍微不同,我看多数涉及下面这两个,其他的还需要自己搜下

    比如SATA Operation 勾选 AHCI

    Secure Boot Enable 勾选 Disable

    (2)设置BIOS为UEFI U盘启动

    通过U盘进入Clover引导之后,选择安装Install macOS ,中间会重启一次,重启之后,选择Install macOS Mojave from “你设置的盘”

    等待系统安装好

    4,设置Clover引导

    (1)复制Clover文件夹

    下载Mac版本的Clover configurator http://www.pc6.com/mac/294926.html,不拔安装U盘的情况下,在挂载分区的选项中把系统的ESP和U盘的ESP分区挂载上。

    复制U盘ESP分区中的clover文件到到系统的ESP分区EFI文件夹下(和mircosoft同级)

    (2)利用bootice添加Clover引导

    在原来的windows系统下,或者通过Win PE,利用Disk Genius普通版即可,https://www.diskgenius.cn/ ,把系统的ESP分配一个盘符

    下载安装bootice之后,https://bootice.en.softonic.com/

    Bootice-UEFI0修改启动序列-添加,在路径上,选择ESP下EFI/CLOVER/CLOVERX64.efi,名称可以自己设置成Clover Boot Manager(开机的时候就是显示这个)

    5,大功告成

    开机的时候选择不同的引导进入不同的系统,这样也实现了单硬盘双系统。

    参考:

    https://hackintosh.kirainmoe.com/an-zhuang-zhong/efi-ti-huan-jiao-cheng

    https://blog.daliansky.net/macOS-Catalina-10.15.5-19F96-Release-version-with-Clover-5118-original-image-Double-EFI-Version-UEFI-and-MBR.html

    https://blog.csdn.net/qq_28735663/article/details/99695786

    zzx

    2015年8月12日

    作者:柳永- 宋

    对潇潇暮雨洒江天,一番洗清秋。
    渐霜风凄紧,关河冷落,残照当楼。
    是处红衰翠减,苒苒物华休。
    唯有长江水,无语东流。

    不忍登高临远,望故乡渺邈,归思难收。
    叹年来踪迹,何事苦淹留?
    想佳人,妆楼颙望,误几回、天际识归舟。
    争知我,倚栏杆处,正恁凝愁!