标签归档:NCBI

NC编号与对应的染色体

NC编号 染色体
NC_000001.10 Chr1
NC_000002.11 Chr2
NC_000003.11 Chr3
NC_000004.11 Chr4
NC_000005.9 Chr5
NC_000006.11 Chr6
NC_000007.13 Chr7
NC_000008.10 Chr8
NC_000009.11 Chr9
NC_000010.10 Chr10
NC_000011.9 Chr11
NC_000012.11 Chr12
NC_000013.10 Chr13
NC_000014.8 Chr14
NC_000015.9 Chr15
NC_000016.9 Chr16
NC_000017.10 Chr17
NC_000018.9 Chr18
NC_000019.9 Chr19
NC_000020.10 Chr20
NC_000021.8 Chr21
NC_000022.10 Chr22
NC_000023.10 ChrX
NC_000024.9 ChrY
NC_012920.1 ChrM

PS:NC编号中的点后面代表版本,可能会更新。

如何获取Ensembl gene id和NCBI的gene id及与HGNC的对应关系

Ensembl和NCBI都是盛名的基因组研究机构,提供相关的基因组结构注释文件,比如gtf或者gff,但注释的id却不是统一的。比如基因ID,Ensembl有Ensembl gene id,NCBI有entrez gene id。不同的人用的基因注释文件来源不同,就需要进行转换。本文主要讲如何利用Ensembl的Biomart,下载对应关系。

Biomart整合了各种生物学注释数据,提供了易于操作的界面,在线提供批量下载,以加速科学研究。Ensembl已应用biomart提供相关服务。

The BioMart project provides free software and data services to the international scientific community in order to foster scientific collaboration and facilitate the scientific discovery process. The project adheres to the open source philosophy that promotes collaboration and code reuse.

Ensembl的biomart网址为http://asia.ensembl.org/index.html

第一步,选择相应的数据库

选择ensemble gene 83

step1-select-database

选择homo sapiens gene

step1-select-database

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