M值和B值的计算公式

The relationship curve between M-value and Beta-value

M值和B值的对应关系

The histograms of Beta-value (left) and M-value (right) (27578 interrogated CpG sites in total)

M值和B值的分布

minfi包有getM和getBeta来分别计算M-values和Beta-values，包的作者认为，

M-values具有更好的统计特性，更适合用于进行下游的统计分析（差异分析等）

Beta-values更加容易解释，更能说明生物学上的意义

CHAMP包在load的时候，可以指定计算Beta-value还是M-value

一般来说，具体的β值的意义是：

任何等于或大于0.6的β值都被认为是完全甲基化的。

任何等于或小于0.2的β值被认为是完全未甲基化的。

β值在0.2和0.6之间被认为是部分甲基化的。

参考：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/108364645

https://link.springer.com/article/10.1186/s41241-017-0041-9