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甲基化芯片中的M值和B值

M值和B值的计算公式

M B value

The relationship curve between M-value and Beta-value

M值和B值的对应关系

M B value

The histograms of Beta-value (left) and M-value (right) (27578 interrogated CpG sites in total)

M值和B值的分布

M B value

minfi包有getM和getBeta来分别计算M-values和Beta-values,包的作者认为,

  • M-values具有更好的统计特性,更适合用于进行下游的统计分析(差异分析等)
  • Beta-values更加容易解释,更能说明生物学上的意义
  • CHAMP包在load的时候,可以指定计算Beta-value还是M-value

    一般来说,具体的β值的意义是:

  • 任何等于或大于0.6的β值都被认为是完全甲基化的。
  • 任何等于或小于0.2的β值被认为是完全未甲基化的。
  • β值在0.2和0.6之间被认为是部分甲基化的。
  • 参考:

    https://zhuanlan.zhihu.com/p/108364645

    https://link.springer.com/article/10.1186/s41241-017-0041-9