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[转载]蛋白质组学及蛋白质鉴定常用的网站和数据库

PS:我不经常用蛋白质数据库,不过看到这个总结的挺详细的,就转过来了。

一、蛋白质数据库


1.UniProt (The Universal Protein Resource)

网址:http://www.uniprot.org/
http://www.ebi.ac.uk/uniprot/
简介:由EBI(欧洲生物信息研究所)、PIR(蛋白信息资源)和SIB(瑞士生物信息研究所)合作建立而成,提供详细的蛋白质序列、功能信息,如蛋白质功能描述、结构域结构、转录后修饰、修饰位点、变异度、二级结构、三级结构等,同时提供其他数据库,包括序列数据库、三维结构数据库、2-D凝聚电泳数据库、蛋白质家族数据库的相应链接。

2.PIR(Protein Information Resource)

网址:http://pir.georgetown.edu/
简介:致力于提供及时的、高质量、最广泛的注释,其下的数据库有iProClass、PIRSF、PIR-PSD、PIR-NREF、UniPort,与90多个生物数据库(蛋白家族、蛋白质功能、蛋白质网络、蛋白质互作、基因组等数据库)存在着交叉应用。

3.BRENDA(enzyme database)

网址:http://www.brenda-enzymes.org
简介:酶数据库,提供酶的分类、命名法、生化反应、专一性、结构、细胞定位、提取方法、文献、应用与改造及相关疾病的数据。

4.CORUM(collection of experimentally verified mammalian protein complexes)

网址:http://mips.gsf.de/genre/proj/corum/index.html
简介:哺乳动物蛋白复合物数据库,提供的数据包括蛋白复合物名称、亚基、功能、相关文献等

5.CyBase(cyclic protein database)

网址:http://research1t.imb.uq.edu.au/cybase
简介:环状蛋白数据库,提供环状蛋白的序列、结构等数据,提供环化蛋白预测服务。

6.DB-PABP

网址:http://pabp.bcf.ku.edu/DB_PABP/
简介:聚阴离子结合蛋白数据库。聚阴离子结合蛋白与聚阴离子的互作在胞内定位、运输、蛋白质折叠等生命过程中起重要作用,此外许多与神经衰退疾病相关的蛋白质均为聚阴离子结合蛋白。该数据库提供已被鉴定的聚阴离子结合蛋白的数据,与NCBI蛋白数据库存在交叉应用。

7.IUPHAR-DB

网址:http://www.iuphar-db.org
简介:G蛋白偶联受体、离子通道数据库。提供这些蛋白的基因、功能、结构、配体、表达图谱、信号转导机制、多样性等数据。

8.GLIDA

网址:http://pharminfo.pharm.kyoto-u.ac.jp/services/glida/
 简介:G蛋白偶联受体-配体数据库,提供G蛋白偶联受体-配体互作数据、配体数据、G蛋白偶联受体数据、同源受体关系网、保守识别区,为新药发现提供了支持。

9.LOCATE

网址:http://locate.imb.uq.edu.au/
简介:哺乳动物蛋白质亚细胞定位数据库

10.InterPro

网址:http://www.ebi.ac.uk/interpro/
简介:蛋白质综合数据库,从大量的数据库中整合而成的包括蛋白质结构域、蛋白质家族、功能位点等信息的数据库。

11.OKCAM

网址:http://okcam.cbi.pku.edu.cn
简介:人体细胞粘附分子数据库。

二、蛋白质组数据库


1.GELBANK

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microRNA数据库与预测、功能分析软件大全

1.miRBase: http://www.mirbase.org

miRBase序列数据库是一个提供包括已发表的miRNA 序列数据、注释、预测基因靶标等信息的全方位数据库,是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。miRBase提供便捷的网上查询服务,允许用户使用关键词或序列在线搜索已知的miRNA和靶标信息。

2.miRecords: http://mirecords.biolead.org/

动物 miRNA 的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS.

3.PMRD: http://bioinformatics.cau.edu.cn/PMRD/

PMRD是一个关于植物MicroRNA 数据库,包括了microRNA序列和它们的靶基因、二级结构、表达谱、基因组搜索等等,并且该数据库尝试着整合大量的关于植物microRNA的数据。

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