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BCFTOOLS支持的表达式

翻译https://samtools.github.io/bcftools/bcftools-man.html#expressions

有效的表达式可能包含

  • 数字常量,字符常量,文件名
  • 1, 1.0, 1e-4
    "String"
    @file_name
  • 算数运算符:
  • +,*,-,/
  • 比较运算符:
  • == (同=), >, >=, <=, <, !=
  • 正则运算符"~"及其非值"!~"。大小写敏感,加"/i"这大小写不敏感:
  • INFO/HAYSTACK ~ "needle"
    INFO/HAYSTACK ~ "NEEDless/i"
  • 括号:
  • (, )
  • 逻辑运算符:
  • && (同&), ||,  |
  • VCF/BCF中的INFO tags, FORMAT tags, column names:
  • INFO tags: INFO/DP or DP
    FORMAT tags: FORMAT/DV, FMT/DV, or DV
    column names:  FILTER, QUAL, ID, POS, REF, ALT[0]
  • 1 (或0) 检测flag的存在 (或不存在) :
  • FlagA=1 && FlagB=0

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