AMY-Tree下载地址
https://bio.kuleuven.be/eeb/lbeg/software
解压下载的压缩文件
AMY-Tree输入文件
输入文件的格式要求在解压出来的 Manual （AMY-tree v2.0 User Manual.pdf）里可以看到
1. Y-SNP (or SNP calling data) file
假设我们手里有VCF文件，那么提取VCF文件中的chrY中的位点即可，但是符合AMY-Tree的格式要求。
cat sample.vcf | grep -Ev "^#" | grep "chrY" | awk '{print $1"t"$2"t"$4"t"$5"t"$3}' | sed "s#.#x#g" > chrY.convert
2. Phylogenetic tree file
对应解压出来的 UpdatedTree_v2.1.txt 文件
3. Mutation conversion file
对应解压出来的 MutationConversion_v2.1.txt
4，Hg18/Hg19 Y-chromosome fasta file
可以从UCSC中下载 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrY.fa.gz
5，Status file of Hg18/Hg19 Y-chromosome
生成第一个输入文件的status文件，需要用到解压出来的getStatusReference.pl脚本
perl getStatusReference.pl chrY.fa chrY.convert hg19 status.Y.txt
6，Quality control file
对应解压出来的 qualityControl_v2.0.txt
7，Version (hg18 or hg19)
基因组版本，我用的是hg19
运行命令：
perl AMY-tree_v2.0.pl ./chrY.convert ./test/ ./UpdatedTree_v2.1.txt ./MutationConversion_v2.1.txt ./chrY.fa ./status.Y.txt ./qualityControl_v2.0.txt hg19
./test是输出文件路径