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AMY-Tree分析Y染色体 —分类树

AMY-Tree下载地址

https://bio.kuleuven.be/eeb/lbeg/software

解压下载的压缩文件

AMY-Tree输入文件

输入文件的格式要求在解压出来的 Manual (AMY-tree v2.0 User Manual.pdf)里可以看到

1. Y-SNP (or SNP calling data) file

假设我们手里有VCF文件,那么提取VCF文件中的chrY中的位点即可,但是符合AMY-Tree的格式要求。

cat sample.vcf | grep -Ev "^#" | grep "chrY" | awk '{print $1"t"$2"t"$4"t"$5"t"$3}' |  sed "s#.#x#g" > chrY.convert

2. Phylogenetic tree file

对应解压出来的 UpdatedTree_v2.1.txt 文件

3. Mutation conversion file

对应解压出来的 MutationConversion_v2.1.txt

4,Hg18/Hg19 Y-chromosome fasta file

可以从UCSC中下载 http://hgdownload.soe.ucsc.edu/goldenPath/hg19/chromosomes/chrY.fa.gz

5,Status file of Hg18/Hg19 Y-chromosome

生成第一个输入文件的status文件,需要用到解压出来的getStatusReference.pl脚本

perl getStatusReference.pl chrY.fa chrY.convert hg19 status.Y.txt

6,Quality control file

对应解压出来的 qualityControl_v2.0.txt

7,Version (hg18 or hg19)

基因组版本,我用的是hg19

运行命令:

perl AMY-tree_v2.0.pl ./chrY.convert  ./test/ ./UpdatedTree_v2.1.txt  ./MutationConversion_v2.1.txt ./chrY.fa ./status.Y.txt ./qualityControl_v2.0.txt hg19

./test是输出文件路径

输出结果

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