月度归档:2019年05月

误删hyper-v的avhdx文件

因为对hyper-v不是很熟悉,点了一下检查点,生成了一个avhdx文件,这个文件其实后续hyper-v会将其合并到vhdx的虚拟磁盘中。而我当时手贱手工的删除了avhdx文件,导致hyper-v找不到这个文件,vhdx也挂起等待合并,虚拟机迟迟不能启动。

有一种解决办法是文件恢复,但我用了几个文件都没有恢复成。实验室师兄(超级牛)新建了一个虚拟机挂载已有的vhdx文件,尝试用vhdx文件启动,显示不能启动,但在新的虚拟机下没有提示要合并,提示老系统的vhdx还有戏。

于是又新建了一个虚拟机实例,创建虚拟机实例之后,尝试将以前的vhdx文件挂载到新的虚拟机上,重启发现竟然以老的系统启动了。感谢能够启动,避免实验室的数据丢失。

根据结果反推,第一个shimx64.efi和Ubuntu.vhdx都是以前的系统,第二个shimx64.efi新的虚拟机的,硬盘驱动器已经换成了老系统的。

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#Author: Jason
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Fusion Gene Annotation

STAR-FUSION和FusonAnnotator都属于Trinity Trinity Cancer Transcriptome Analysis Toolkit Fusion-finding modules。
CTAT_HumanFusionLib现阶段整合了各种资源帮助分析癌症生物学相关的fusion,同样也鉴别可能在正常样本只能出现的fusion。下载地址:https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/

FusionAnnotator –genome_lib_dir GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_July192017/ctat_genome_lib_build_dir/ \
–annotate fusions.list.txt
fusions.list.txt为star-fusion的结果中的第一列,两个参与融合的基因中间用–连在一起,就可以用FusionAnnotator进行注释,相关的标签会注释到融合基因上。

会有三类标签,每类下面又有很多具体的来源标签:
Fusions relevant to cancer biology
Individual genes of cancer relevance, which may show up in fusions
Red Herrings: Fusion pairs that may not be relevant to cancer, and potential false positives.

通过注释,就可以了解到分析结果中的融合基因是否在其他数据库中出现过,或者可能是和癌症无关的突变。

参考:https://github.com/FusionAnnotator/CTAT_HumanFusionLib/wiki

NIS+NFS+SGE

需求,把多台服务器组成一个cluster(SGE),把一台电脑(比如存储)的home文件件共享给其他服务器(NFS),共用一个home文件夹,并进行用户的统一管理(NIS)。

操作系统为操作系统:CentOS,用virtual box虚拟出来的系统做测试。
server端:10.0.2.5
client或compute端:在同样网段

1,NFS共享存储

通过nfs,实现每台服务器都有同样的路径和文件,便于后续集群管理。这里共享两个路径,一个是server端的/home路径,实现每个服务器都有同样的家目录,一个是/opt/gridengine用于安装SGE。

1.1 Server端:

安装相关软件,NFS的端口是不固定的(因此如果客户端连不上的时候,往往需要iptables -F清理一下),客户端要准确的获得NFS服务器所使用的端口,就需要RPC服务。RPC最主要的功能就是记录每个NFS功能所对应的端口号,并且在NFS客户端请求时将该端口和功能对应的信息传递给请求数据的NFS客户端,让客户端可以链接到正确的端口上去,从而实现数据传输。

yum install nfs-utils rpcbind

开机启动rpcbind

systemctl enable rpcbind.service

开启rpcbind

systemctl start rpcbind.service

设置要共享的目录

mkdir /opt/gridengine
vi /etc/exports
/home 10.0.2.0/255.255.255.0(rw,sync)
/opt/gridengine 10.0.2.0/255.255.255.0(rw,sync)

nfs开机启动和开启服务

systemctl enable nfs
systemctl start nfs

生效export

exportfs -r -v

1.2 客户端:

yum install nfs-utils rpcbind
systemctl enable  rpcbind.service
systemctl restart rpcbind.service
systemctl enable nfs
systemctl start  nfs

设置自动挂载,用tab分割,不是空格

mkdir /opt/gridengine
vi /etc/fstab
10.0.2.5:/home	/home	nfs	defaults	0	0
10.0.2.5:/opt/gridengine	/opt/gridengine	nfs	defaults	0	0

挂载

mount -a

这样的话,客户端服务器的home目录都是server端的home家目录。

2,NIS(Network Information Service)

通过NIS实现帐号的统一权限管理和认证,避免在多台服务器上重复开设帐号

2.1 Server端:

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