作者归档:zzx

误删hyper-v的avhdx文件

因为对hyper-v不是很熟悉,点了一下检查点,生成了一个avhdx文件,这个文件其实后续hyper-v会将其合并到vhdx的虚拟磁盘中。而我当时手贱手工的删除了avhdx文件,导致hyper-v找不到这个文件,vhdx也挂起等待合并,虚拟机迟迟不能启动。

有一种解决办法是文件恢复,但我用了几个文件都没有恢复成。实验室师兄(超级牛)新建了一个虚拟机挂载已有的vhdx文件,尝试用vhdx文件启动,显示不能启动,但在新的虚拟机下没有提示要合并,提示老系统的vhdx还有戏。

于是又新建了一个虚拟机实例,创建虚拟机实例之后,尝试将以前的vhdx文件挂载到新的虚拟机上,重启发现竟然以老的系统启动了。感谢能够启动,避免实验室的数据丢失。

根据结果反推,第一个shimx64.efi和Ubuntu.vhdx都是以前的系统,第二个shimx64.efi新的虚拟机的,硬盘驱动器已经换成了老系统的。

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Fusion Gene Annotation

STAR-FUSION和FusonAnnotator都属于Trinity Trinity Cancer Transcriptome Analysis Toolkit Fusion-finding modules。
CTAT_HumanFusionLib现阶段整合了各种资源帮助分析癌症生物学相关的fusion,同样也鉴别可能在正常样本只能出现的fusion。下载地址:https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/

FusionAnnotator –genome_lib_dir GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_July192017/ctat_genome_lib_build_dir/ \
–annotate fusions.list.txt
fusions.list.txt为star-fusion的结果中的第一列,两个参与融合的基因中间用–连在一起,就可以用FusionAnnotator进行注释,相关的标签会注释到融合基因上。

会有三类标签,每类下面又有很多具体的来源标签:
Fusions relevant to cancer biology
Individual genes of cancer relevance, which may show up in fusions
Red Herrings: Fusion pairs that may not be relevant to cancer, and potential false positives.

通过注释,就可以了解到分析结果中的融合基因是否在其他数据库中出现过,或者可能是和癌症无关的突变。

参考:https://github.com/FusionAnnotator/CTAT_HumanFusionLib/wiki

NIS+NFS+SGE

需求,把多台服务器组成一个cluster(SGE),把一台电脑(比如存储)的home文件件共享给其他服务器(NFS),共用一个home文件夹,并进行用户的统一管理(NIS)。

操作系统为操作系统:CentOS,用virtual box虚拟出来的系统做测试。
server端:10.0.2.5
client或compute端:在同样网段

1,NFS共享存储

通过nfs,实现每台服务器都有同样的路径和文件,便于后续集群管理。这里共享两个路径,一个是server端的/home路径,实现每个服务器都有同样的家目录,一个是/opt/gridengine用于安装SGE。

1.1 Server端:

安装相关软件,NFS的端口是不固定的(因此如果客户端连不上的时候,往往需要iptables -F清理一下),客户端要准确的获得NFS服务器所使用的端口,就需要RPC服务。RPC最主要的功能就是记录每个NFS功能所对应的端口号,并且在NFS客户端请求时将该端口和功能对应的信息传递给请求数据的NFS客户端,让客户端可以链接到正确的端口上去,从而实现数据传输。

yum install nfs-utils rpcbind

开机启动rpcbind

systemctl enable rpcbind.service

开启rpcbind

systemctl start rpcbind.service

设置要共享的目录

mkdir /opt/gridengine
vi /etc/exports
/home 10.0.2.0/255.255.255.0(rw,sync)
/opt/gridengine 10.0.2.0/255.255.255.0(rw,sync)

nfs开机启动和开启服务

systemctl enable nfs
systemctl start nfs

生效export

exportfs -r -v

1.2 客户端:

yum install nfs-utils rpcbind
systemctl enable  rpcbind.service
systemctl restart rpcbind.service
systemctl enable nfs
systemctl start  nfs

设置自动挂载,用tab分割,不是空格

mkdir /opt/gridengine
vi /etc/fstab
10.0.2.5:/home	/home	nfs	defaults	0	0
10.0.2.5:/opt/gridengine	/opt/gridengine	nfs	defaults	0	0

挂载

mount -a

这样的话,客户端服务器的home目录都是server端的home家目录。

2,NIS(Network Information Service)

通过NIS实现帐号的统一权限管理和认证,避免在多台服务器上重复开设帐号

2.1 Server端:

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T细胞,B细胞,抗原,CD4和CD8

T细胞工作原理

T细胞在胸腺中发育后,它们可以在血液或淋巴系统中游走或迁移到体内的不同器官。只要特定的入侵者刺激它们,辅助性T细胞就会产生化学物质。有些化学物质触发B细胞发育成浆细胞,而另一些化学物质则刺激杀伤性T细胞靶向并杀死可能被侵入者感染或癌变的细胞。 调节性T细胞有助于控制免疫反应,防止其失控。自然杀伤T细胞也产生化学物质,以帮助调节免疫反应,防止入侵者和肿瘤。在免疫反应结束后,记忆T细胞在体内停留很长一段时间。这样,如果同样的入侵者再次出现,它们就能迅速做出反应,并繁殖产生大量的T细胞来消灭它。

B细胞工作原理

与T细胞不同,B细胞不能直接攻击受感染的细胞。相反,B细胞主要产生一种叫做抗体的蛋白质,当入侵者在血液中移动时,抗体就可以劫持入侵者。当它们遇到入侵者时,B细胞受到刺激而产生浆细胞和记忆B细胞。 每个浆细胞被专门用来制造一种特殊的抗体——专门用来攻击特定入侵者的蛋白质。抗体的作用是在受感染的细胞上作为标志,这样T细胞就能识别要破坏的细胞。 当入侵者被抗体包裹时,它们更容易成为免疫系统中其他蛋白质的靶标,也更容易成为吞噬细胞这一专门细胞的攻击目标,吞噬细胞负责吞噬外来物质和受感染的细胞。当浆细胞在免疫反应结束后消失时,记忆B细胞就会长期存在。如果同样的入侵者再次出现,抗体已经可以帮助抵抗它。

1、参与方式不同 T细胞参与细胞免疫,B细胞参与体液免疫;
2、形成的位置不同 T细胞形成于胸腺,B细胞形成于骨髓;
3、功能不同 T细胞主要功能是吞噬外来侵袭物,B细胞主要功能是产生各类抗体;
4、数量、形态不同 T细胞数量比B细胞少;B细胞形态比T细胞形态大。

浆细胞又叫做效应B细胞。效应B细胞的产生:当B淋巴细胞受到抗原刺激或受淋巴因子刺激而活化后,将大量增殖并分化为效应B细胞和记忆B细胞.记忆B细胞受刺激后,可直接大量增殖、分化出效应B细胞
效应B细胞的作用:效应B细胞(浆细胞)由B淋巴细胞或记忆B细胞产生,其能分泌抗体执行免疫供能
自然杀伤细胞NK细胞:非特异性攻击

MHC1和MHC2

MHC1类:将抗原肽递呈给细胞毒性T细胞
MHC2类:专职性抗原递呈给辅助性T细胞(Th)
MHC1在机体大多数细胞中都有表达,主要是自身受病毒或胞内寄生菌感染以后将病原肽递呈出来让CTL细胞(细胞毒性T细胞,cytotoxic T cell,TC或CTL,也称杀手细胞)识别然后破坏受感染细胞。而表达MHCII的主要是专职的抗原递呈细胞,包括DC,巨噬和B细胞,将病原主动摄取后递呈给Th细胞,从而辅助后期B细胞或者巨噬细胞

抗原

外源性抗原—>MHC II—>CD4+
外源性抗原经吞噬或吞饮作用,被APC摄入胞内形成吞噬体,后者与溶酶体融合形成吞噬溶酶体。抗原在吞噬溶酶体内酸性环境中被蛋白水解酶降解为小分子多肽,其中具有免疫原性的称为抗原肽。内质网中合成的MHC-Ⅱ类分子进入高尔基体后,由分泌小泡携带,通过与吞噬溶酶体融合,使抗原肽与小泡内MHC-Ⅱ类分子结合形成抗原肽-MHCⅡ类分子复合物。该复合物表达于APC表面,可被相应CD4+T细胞识别结合。

内源性抗原–>MHC I–>CD8+
内源性抗原是指细胞自身合成的抗原,如肿瘤抗原和病毒蛋白抗原等。内源性抗原在细胞内生成后,可被存在于胞质中的蛋白酶体,即小分子聚合多肽体(LMP)降解成小分子多肽;小分子多肽与热休克蛋白70/90在胞质内结合后,经抗原肽转运体(TAP)转运到内质网中,通过加工修饰成为具有免疫原性的抗原肽;抗原肽与内质网中合成的MHCⅠ类分子结合,形成抗原肽-MHCⅠ类分子结合形成抗原肽-MHCⅠ类分子复合物;后者转入高尔基体再通过分泌小泡将其运送到APC表面,供相应CD8+T细胞识别结合。

CD4和CD8

CD4+细胞,有称辅助性T细胞,在细胞包面表达CD4+分子,在免疫过程中协助白细胞,包括B细胞成熟和记忆b细胞,活化细胞毒性T细胞和巨噬细胞,辅助性T细胞被MHC II上的抗原激活,迅速分化和分泌调节免疫活性的细胞因子小蛋白。活化的细胞可分为 TH1, TH2, TH3, TH17, TH9, or TFH,亚型,取决于抗原呈递细胞APC的信号。

CD8+细胞,细胞毒性T细胞(TC cells, CTLs, T-killer cells, killer T cells),细胞表面表达CD8糖蛋白,摧毁病毒感染细胞和肿瘤细胞,这些细胞通过与MHC I分子(所有细胞都表达)上的抗原结合识别攻击对象。 通过IL-10,腺苷和其他调节T细胞分泌的分子调节,CD8+细胞可以进入无活性状态,以免发生自身免疫病。

肿瘤细胞免疫逃逸的几种方式

肿瘤中的新抗原neoantigen引起的T细胞介导的免疫监视会影响肿瘤的进化,新抗原的缺失或者抗原呈递功能受损都会导致肿瘤的免疫逃逸。可能有以下几点:
1,DNA水平:通过拷贝数丢失,导致neoantigen也发生丢失
2,RNA水平:抑制包含neoantigen的转录本表达
3,表观水平:沉默编码neoantigen的片断
4,翻译后水平:蛋白质降解,呈递功能缺失等
5,免疫系统的选择性纯化:清除包含neoantigen的肿瘤亚克隆。
参考:Neoantigen-directed immune escape in lung cancer evolution